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目的： 以SIV直肠感染中国恒河猴为模型，分析病毒感染极早期侵入门户和其他局部组织（降结肠、空肠和外周血等）中SIV包膜蛋白(env)进化特征，研究感染超急性期病毒体内播散过程不同解剖部位病毒遗传学特征差异，为设计新的靶向性疫苗和抗病毒药物以及其使用策略提供新思路。 材料与方法： 实验将十二只成年雄性中国恒河猴用2ml3.1×10^4 TCID50 SIVmac251病毒多样性准种直肠内攻毒。接种后0天、3天、6天、10天各处死3只，收集和处理组织标本。源于Env序列的单基因组放大(SGA)和测序技术可以得到体内病毒包膜蛋白基因，用Bio-edit的ClustalW软件进行序列的排列和比对，手工去除不符合完整密码子突变的序列，去除大片段缺失的序列，用MEGA6.06软件以Kimura-双参数方法构建Neighbor-joining系统进化树(phylogenetic tree)，鉴别和枚举体内以及直肠组织局部建立感染的初始传播病毒(transmitted/founderviruses，T/F viruses)，并分析组织与组织之间、组织局部与外周血循环系统之间病毒遗传学特征的进化关系。 结果： 1、直肠中得到的病毒env基因与接种病毒准种env基因构建邻接树显示感染后6天3只猴中两只(070327和061127)由4个初始传播病毒在侵入门户局部扩增，另外一只(070419)有2个初始传播病毒。感染后10天3只猴也是由1～4个(050429有1个、060319有2个、060027有4个)初始传播病毒在侵入门户局部扩增。 2、统计结果显示，系统中病毒多样性显著高于侵入门户局部，P=0.006.外周血和脾脏包含了来自不同肠部位的病毒。 3、系统进化分析显示，感染后6天3只猴以及感染后10天两只猴在直肠、降结肠和空肠组织之间存在相对独立复制的病毒株。相较于系统，有5只恒河猴出现组织特异病毒株，这些病毒在循环系统中没有同源簇。 结论： SIV直肠感染后6天和10天，直肠粘膜屏障是重要的遗传瓶颈，接种病毒向体播散在降结肠和空肠会存在一定特异性选择。不同肠组织中存在组织特异的病毒簇，侵入门户以及其他肠组织间差异病毒簇均可引流到循环系统中。