在经济日益市场化的今天，我国企业面临的税收政策体系、市场交易行为愈发复杂，税收征管措施也变的更加的严格。纳税环境的日益多变使得企业的纳税问题越来越复杂。我国的医药制造企业面临的纳税问题更加严重。医药制造行业在我国起步较晚，但发展迅速。本文关注到医药制造业发展中出现的相关问题，拟通过案例研究的形式对这些问题进行分析并提出解决问题的策略。希望通过本文的完成，能够对医药制造企业有所帮助。将企业的税收负担合理合法地控制在一个既无风险又可承受的合理水平。本文首先用实证研究的方法对我国医药制造行业的纳税管理现状进行了系统分析。选取了在深沪两市上市的医药制造企业2009-2012年的财务数据，对行业的增值税税负与所得税税负进行了描述性统计分析，得出行业整体税负偏高的结论。之后重点对SL药业有限公司（以下简称“SL药业”）纳税管理进行研究。本文主要关注SL药业纳税成本管理与纳税风险管理两个方面。在纳税成本管理上，本文分析了SL药业的税负水平，并与行业税负水平进行对比。在纳税风险管理上，本文对SL药业内部控制情况与近几年的违法违规情况进行了分析，提出公司涉税风险较高、缺乏纳税风险管理体系的问题。针对在SL药业纳税管理现状研究中发现的问题，本文提出改进策略。在纳税成本管理方面，本文通过规范企业的日常涉税活动、充分享受税收优惠政策、合理运用延期纳税的技术、与企业扩张战略紧密结合等方法来进行全面提升。在纳税风险管理方面，本文拟为SL药业构建一套完整的纳税风险管理体系，包括改善纳税风险控制环境、构建纳税风险识别、评估、控制和绩效评价体系。通过以上的改进措施，以期SL药业的纳税管理水平有所提升，并且为整个行业的纳税管理提升提供借鉴意义。