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玉兰亚属(Subgen.Yulania(Spach)Reichenb.)植物为木兰科(Magnoliaceae)木兰属(Magnolia Linn.)落叶乔木或灌木,是一类树姿雄伟、花大美丽、用途广泛的名贵花木、珍贵中药材,具有显著的经济、生态效益和社会效益。由于其复杂的遗传背景和丰富的种质资源现状,仅凭形态特征很难对其亲缘关系进行正确划分。景宁木兰(Magnolia sinostellata)为木兰科木兰属新种,由于其分布区域狭窄、种群极小以及结实率低等因素,已被列为浙江省濒危植物。加上环境破坏以及人为滥砍滥伐现象,野生景宁木兰群体在一定程度上遭到了破坏,影响其遗传多样性。为研究景宁木兰的致濒机制以及提供后续资源保护与利用的理论依据,本研究利用EST-SSR分子标记技术,较为系统地研究了景宁木兰4个地理居群的遗传多样性、遗传结构。同时,将筛选得到的景宁木兰引物应用于分析玉兰亚属植物的遗传多样性、遗传结构,并探讨其亲缘关系,以期为玉兰亚属植物的种质资源鉴定提供分子理论依据。具体结果如下:景宁木兰转录组测序共获得110,644条数据(总覆盖长度90.83 Mb)。利用SSR检测程序从上述Unigenes中发现25,472个SSR位点,发生频率为23.02%,平均密度3.57 kb。最短SSR长度为12 bp的单核苷酸及二核苷酸,最长基序为25 bp的五核苷酸。优势重复基序为单核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的33.53%和42.08%。单核苷酸以(A/T)n为主,占SSR总数的33.34%;二核苷酸中(AG/CT)n为优势基序,占SSR总数的35.12%。SSR重复单元的重复次数分布在4-24次之间。以景宁木兰主要分布区浙江省景宁畲族自治区(JN)、松阳县牛头山(SY)、莲都峰源乡(LD)和温州雁荡山(YD)的天然群体为基本研究对象,用23对EST-SSR多态性引物对102个景宁木兰样品进行分析,结果共检测到204个等位基因位点;杂合度期望值(He)、Shannon信息指数(I)和Nei基因多样性(h)分别为0.6764、1.2489和0.6731;4个居群间的基因流(Nm)为0.8024,群体分化系数(Fst)为0.2375。以遗传多样性指数为评价指标,则景宁畲族自治区的遗传多样性最高(h=0.6243,I=1.1514),温州雁荡山居群最低(h=0.2536,I=0.3879)。根据遗传相似系数进行聚类分析,可在相似系数0.6300处可将居群分为3类。从景宁木兰引物中筛选得到30对多态性引物,其多态信息含量范围(PIC)为0.2373-0.7795。用30对引物对21个玉兰种(品种)进行分析,结果显示其Shannon信息指数(I)范围为0.5010-1.0969,平均值为0.9256;Nei基因多样性(H)范围为0.2540-0.6655,平均值为0.5565。聚类结果和主坐标分析均表明可将木兰属植物分为二乔玉兰类群、白玉兰类群、望春玉兰类群和渐叶木兰类群。研究结果表明,景宁木兰具有较高的遗传多样性,但居群间遗传分化较大,居群内遗传漂变现象加剧。可以通过丰富景宁木兰群落的物种多样性、改善其生存环境、减少景宁木兰的竞争压力、加强对其原生境及植株的保护与检测、提高生殖力和结实率等手段,有效保护及丰富景宁木兰的遗传资源。同时,EST-SSR引物具有种间通用性,开发自景宁木兰的引物可以用于研究玉兰亚属植物亲缘关系。研究表明,玉兰亚属植物间具有较近的进化关系和丰富的遗传多样性,EST-SSR分子标记可用于种质资源鉴定,并为后续遗传图谱构建、分子标记辅助育种提供重要依据。