番茄生长周期短,果实营养丰富,富含多种维生素,是人们日常生活中不可或缺的一种蔬菜,另外番茄与拟南芥等模式生物的亲缘关系比较远,果实成熟周期短,因此番茄也被作为研究果实成熟的模式生物。随着对番茄需求量的逐渐增加,培育优良品种、提高产量已经成为研究者们日益关注的问题。目前,对番茄的研究主要集中在栽培和野生番茄对耐盐性、抗旱性、抗低温性、果实营养成分的差异上。基于前人对两种番茄差异性状的研究,本文主要对栽培和野生番茄在转录组水平上进行研究。通过RNA-Seq技术,对番茄的全转录组进行分析,主要工作内容如下:首先,我们对番茄转录组数据进行质量检控,并进行后续的比对、组装,组装之后得到388666个转录本,并对转录本的长度分布情况进行了统计分析。另外,不同组织中转录本的表达量相差很大,表达量高的转录本主要集中在花、果实、根和营养组织中。其次,我们分析了栽培和野生番茄的差异表达基因。预测得到126个上调的差异表达基因和87个下调的差异表达基因。对差异表达基因进行GO功能注释和Pathway分析,从而确定这些差异表达基因的功能和生物学途径,其主要富集在光收集复合物、质膜聚光复杂度、淀粉和蔗糖代谢、亚麻酸代谢,生物合成氨基酸等。另外,我们还对各个组织中的差异表达基因进行GO注释,从而确定不同组织中差异表达基因的功能。最后,我们预测了554个差异表达长非编码RNA和426个mRNA,并进行了统计分析。通过构建长非编码RNA和mRNA的共表达网络,进一步筛选出与长非编码RNA相关的mRNA,并对这些mRNA进行功能注释,其功能主要集中在对生物的刺激做出反应、肽酶抑制剂的活动等,从而推测这些长非编码RNA的调控功能。除此之外,我们还预测了番茄的新转录本,每个新转录本都包含至少一个外显子和一个蛋白编码区域,其具体功能还需要进一步研究。