本研究通过对分布于我国云南、贵州西部、四川南部的31个采集点，共281个滇蛙（Ranapleuranden）样本的三个线粒体基因(Cytb，C01和16SrRNA)序列分析，探讨滇蛙的系统地理结构、分化状况。　　 联合线粒体基因（Cytb，CO(1)and16SrRNA），共获得1733bp序列(Cytb=525bp，CO(1)=723bp，16SrRNA=485bp)及78个单倍型。联合线粒体序列的系统发育分析及中介网络图显示存在5个分化较深且互为单系的族群。分子变异等级分析(analysisofmolecularvariance，AMOVA)的结果表明:单倍型中多数的遗传变异发生在地理区域组之间，为91.34％;而6.77％为地理区域组内的种群间的变异;整个种群内个体的遗传变异仅为1.89％。　　 研究表明分布在在中国西南地区滇蛙种群遗传结构存在一定模式。通常，有限扩散能力是导致种群之间明显的遗传分化的原因(Wongetal.，2004)。研究表明:滇蛙种群的5个地理区域组之间的系统地理分化与地理障碍相关，在交界区存在一定程度的基因交流。种群历史分析揭示滇蛙种群普遍经历了多次扩张一分群事件，地理障碍与长期分化形成的生殖隔离使其维持现今的分布格局。　　 研究表明，滇中及北方地理（种群）区域组、滇东（种群）地理区域组、滇南（种群）地理区域组、滇西（种群）地理区域组、会里地理（种群）区域组应当归为五个管理单元，这五个地理单元应作为五个不同的进化显著性单元(evolutionarysignificantunits，ESUs)加以保护;会里种群应予以关注。　　 对31个采集点的281个个体测定了核基因RAG-1片段，共得到长度为498bp的238条序列，产生19个单倍型。AMOVA分析结果表明:单倍型中多数的分子变异发生在地理区域组内为48.14％，五个地理区域组间为18.83％;而种群内个体之间的变异为33.03％。由于核基因的进化速率较线粒体基因慢，本研究获得的RAG-1核基因的片段较短，获得信息量不足以反映其与地理分布格局的关系。　　 滇南地理（种群）区域组样本与林琴蛙(Raralili)在形态上是一致的，研究结果表明它与其它四个地理区域组的Cytb的遗传距离范围在0.025-0.067;滇南地理组与其它四个地理区域组的CO(1)基因的平均遗传距离范围为0.033-0.078;这个值属于两栖类种内遗传距离的范围（杨玉慧等，2004;Hu，2007;Tan&Wake，1995）。因此，认为林琴蛙（Rlili）是滇蛙(R.pleuranden)的同物异名。