近年来，我国政府职能转变迈出较大步伐，各级政府发挥作用的重点，正在逐步转变到经济调节、市场监管、社会管理和公共服务上。海关特殊监管区域作为国家设立的，在对外经济贸易活动中实行特殊的开放政策的经济性区域。随着其蓬勃发展和整合优化，相应的海关职能正在不断变革与调整，尤其是全球化的发展带来了新公共管理的企业家政府理论，对我国行政管理体制改革产生了极大的影响，从海关特殊区域的发展可以清晰地看出作为政府组成部门之一的海关职能变迁的轨迹与趋势。因此，研究企业家政府理论对海关特殊监管区域海关职能变化的借鉴和引导，成为了我国政府管理体制改革中具有很强现实意义和实践意义的课题。 本文阐述了目前中国海关特殊监管区域的发展现状、基本特征和存在的主要问题。通过对国内外海关特殊监管区域的分析比较，分析了我国及世界上的现存特殊监管区的特点及海关监管的主要做法和存在问题。针对目前我国海关特殊监管区的设立、运作和发展等问题作了深入的剖析，重点阐述了对特殊监管区域的整合和职能转变问题。结合企业家政府理论，从特殊监管区域海关职能调整优化看海关职能转变的趋势与构想。 全文采用了比较研究、理论分析和实证研究的方法。通过对中国和其他国家的特殊监管区域的分析，结合我国已经建立的特殊监管区域的运作经验，并通过比较分析中国和世界各国相关的法律监管制度，针对我国目前的监管体制的特点与缺陷，对我国如何建立一个完善、系统的海关特殊监管区域律监管体系提出相关建议。本文共分六个部分，第一部分主要介绍了国内外的研究及问题的由来。第二部分主要是介绍了国外自由贸易区发展状况，通过对美国、德国自由贸易区的监管模式介绍，对整合海关特殊监管区域有一定的借鉴意义。第三个部分介绍了我国海关特殊监管区域发展的历史沿革，同时分别对保税区、出口加工区、物流园区的出台背景、监管模式、存在问题等进行了逐一介绍，并对这个三个区域进行了比较分析。第四部分主要是结合政府职能的理论，以及企业家政府理论，论述我国特殊监管区域海关职能转变的需求和具体构想。第五部分，是以上海地区海关特殊监管区域发展的实证分析来印证海关职能转变的必要性。第六部分，得出了三点结论：一是我国海关特殊监管区域正处于整合优化期，亟待建立统一立法、统一运作规范、统一监管的类似国外自由贸易区的海关特殊监管区域：二是应当借鉴企业家政府理论的设想，强调社会工作导向，发挥市场选择机制，激发官员创新思维，对现有的特殊监管区域海关监管职能进行全方位、多角度、深层次的调整和调适。三是通过海关特殊监管区域职能调整的目标模式，对中国海关非传统职能和海关职能转变实现途径提出设想，从而实现从管制型海关向服务性海关、从单向治理型海关向善治型海关、从权力型海关向责任型海关的“三大转变”。