从改革开放以来,我国医药制造业发展迅速,对医药制造业技术创新能力对产出绩效的研究已经较为丰富,研究的内容和领域正向不断的深化。但是我国医药制造业存在着子行业发展不均衡、区域发展不均衡的情况,因此本文从子行业、区域两个视角着手,研究医药制造业各个子行业、区域间技术创新投入对产出绩效的不同影响。文章首先阐述以往学者相关的研究综述与基本理论,为后文合理评价和选择衡量指标、方法提供依据,进而对医药制造行业进行界定、描述子行业、区域的发展现状,将医药制造业整体行业划分为化学药品制造、生物制药、中成药,按照区域划分为东部、中部和西部,构建理论模型,对子行业、各区域的投入产出指标进行描述性分析、相关性分析、借助知识生产函数,运用逐步回归的方法对每一子行业和区域进行实证分析,对比得出子行业、区域间的差异,进而得出本文的结论并给出政策建议。通过实证分析本文得出结论,化学制药行业、生物制药行业、中成药行业与东部地区、中部地区、西部地区三个区域技术创新投入与产出情况存在差异,与此同时,影响化学制药行业、生物制药行业、中成药行业、以及东部地区、中部地区、西部地区三个区域医药制造业技术创新投入对产出绩效影响的因素各不相同。经过实证本文得出这样的发现,尽管化学制药行业是医药制造业的典型行业,化学药品制造业消化吸收比重对产出绩效的影响与医药制造业整体消化吸收对产出绩效的作用程度是不同的;经过区域的对比发现,西部地区技术引进对产出绩效的作用、东部地区技术改造对产出绩效的作用弹性与全国医药制造业整体的情况也呈现相反的作用。其次,化学制药行业、生物制药行业、中成药行业、以及东部地区、中部地区、西部地区三个区域,影响其产出绩效的显著因素不尽相同。最后,根据前文的实证部分结论,对比医药制造业中化学制药行业、中成药生产行业、生物药品制造业之间差异以及东部、中部、西部地区之间的差异,从行业、区域的角度为医药制造业行业间、区域间技术创新活动协调发展提供对策。