南水北调中线工程是国家为解决华北地区水资源短缺问题而实施的一项跨流域调水工程。中线工程的建设使水源区调水水质标准提高，生态建设的力度加大，污染治理的成本增加；同时也影响了水源区经济的发展，导致财政的收入减少。安康水源区是中线工程水源区的重要组成部分，然而，安康水源区的生态环境比较脆弱，尤其是农业非点源污染严重，达不到水源区水质的要求。对农业非点源污染的控制补偿研究，能够解决水源区农业非点源污染治理资金短缺问题，保证水源区水质，促进水源区社会经济环境协调发展。　　 本文以南水北调中线安康水源区为研究对象，针对安康水源区的农业非点源污染控制补偿进行研究，主要内容如下：　　 1、根据安康水源区现有基础资料，利用层次分析法对水源区的基础条件进行了定量分析和评价，提出了为了保证水源区水质，必须对农业非点源污染进行有效治理。并以北京市和安康市为研究对象，利用博弈论方法研究了农业非点源污染治理补偿的必要性和紧迫性。　　 2、针对农业非点源污染来源，利用查阅文献法确定了污染输出系数。结合不同污染来源的统计数据，利用输出系数法计算安康水源区的农业非点源污染负荷。得出农用地、畜禽、农业人口、未利用土地是农业非点源污染的主要来源，其中农用地中耕地和林地的污染负荷最大。　　 3、参考国内外农业非点源污染治理措施，结合水源区已有治理经验，对主要污染来源确定合理的治理措施。利用成本核算法和收益法计算了安康水源区的农业非点源污染治理费用。结合发展机会损失，计算了安康水源区农业非点源污染控制成本。　　 4、针对农业非点源污染控制补偿进行了经济学分析，在最优污染水平模型基础上，对安康水源区农业非点源污染控制成本和生态价值损失进行比较，通过自愿协商原则确定出农业非点源污染控制补偿量。