随着全球信息化和科技化水平的不断提高，科学技术对各国经济发展与社会进步起到越来越重要的推动作用。国家间、地区间的经济竞争、综合国力的竞争，在很大程度上都表现为科学技术的竞争，科技投入作为科技活动的基本要素，是科技发展的前提和基础。特别是伴随着财政分权体制的不断深入，地方政府间以科技创新作为第一生产力的竞争日益激烈。各级政府对科技产业的投入规模和投入结构都高度重视。相对而言，中国科技投入存在政府科技投入总量不足、投入结构不合理、成果实用性差、科技投入产出效率低等问题，如何完善财政分权体制和相关配套制度，有效提高地方政府科技投入效率水平，实现资源的最优化配置，已成为当前急需解决问题之一。　　本文以财政分权体制下的地方政府科技投入效率为研究对象，利用公共经济学、计量经济学等多学科理论，采用理论分析与实证分析相结合的方式，对财政分权如何影响地方政府科技投入效率进行研究。首先，在对财政分权与政府科技投入效率相关的国内外文献进行梳理的基础上，以科学技术的属性为出发点，沿着政府科技投入产出的实现路径，针对财政分权对地方政府科技投入效率的影响进行理论分析;随后，采用DEA-Malmquist指数分析法分别从横向、纵向、综合三个角度测量地方政府科技投入效率水平，探究目前地方政府科技投入效率现状，为后续实证研究提供数据基础;进而，结合政府科技投入效率值测算，对理论分析进行实证检验。选取2000-2013年的面板数据，从全国和区域两个层面，分别采用静态和动态两种面板模型对财政分权与地方政府科技投入效率间关系进行实证分析，并采用断尾回归模型、差分广义矩估计法进行稳健性检验。通过理论分析与实证检验可知，财政分权对地方政府科技投入效率具有显著的正向作用，且在西部地区作用力度最大。为了进一步改善地方政府科技投入效率水平，针对性提出了继续推进财政分权改革，优化财政分权制度;调整财政支出结构，优化科技投入方式;制定针对性区域政策，实行差异化管理;改革政绩考核机制，引导政府合理竞争等政策建议。