基于RNA 水解酶的实验,Anfinsen 提出:蛋白质的三级结构唯一地由其氨基酸序列决定。然而,我们发现一些结构对称的蛋白质其氨基酸序列却看不出这种对称性。一般的预测方法难以把氨基酸序列的对称性揭示或直观地表示出来。我们提出了一种基于重现思想的相似性方法,同时结合了蛋白质演化理论。通过适当定义序列相似度s,可以用相似图方法较好地揭示氨基酸序列隐含的对称性。我们用此方法对典型的对称蛋白质三叶草家族进行了研究,发现其三级结构的三重准对称性跟氨基酸序列的三重准对称性有很好的对应关系。为了检验方法的普遍性,我们在三大类蛋白质:α类、β类和αβ类中选出三级结构对称的蛋白质,同样对它们进行了研究,发现其蛋白质结构与氨基酸序列从两重准对称性到五重准对称性都有较好的对应。另外,我们还分析了具有代表性的小α蛋白,并对它们的保守氨基酸进行了分析。考虑到不同氨基酸残基有相同的物理化学性质,我们对20 种氨基酸残基进行分类简化,对三叶草家族重新进行了分析,找到了更好的对应关系;对典型的结构对称蛋白质四螺旋桨家族我们也进行了研究,也较清楚地显示了其序列的四重准对称性。最后,我们用相似性方法对未知结构的蛋白质进行结构预测,结合网上的预测,初步推断其为(βα)8-barrel 家族的蛋白质。