新疆地处祖国西北边陲,经济基础比较落后,政治形势复杂多变,多民族多宗教并存的特殊条件,决定了新疆军队近代化的历史进程不可能与内地许多省区同步进行。近代以来,在新疆存在过的军队名目繁多,各时期出现的军队成分和编制均各有特点,在各个时期对于国防和社会稳定的贡献都有所不同。论文主要以民国时期(1912—1949)为时间线索,探讨这38年间曾受新疆省政府控制的军队组织编制体制,主要包括军队各级领导指挥体制(中央—地方两级)、各级建部队的平时编制和军队总兵额这三大方面内容,从近代化的角度理解新疆军队和军事制度的因袭与流变,使人们了解新疆近代化发展在军制方面的体现。自乾隆二十七年(1762)至1912年149年间清政府在新疆的驻军领导指挥体制、组织编制和军队总额数主要经历了三次变化。乾隆二十四年以后,新疆建立了一个旗、营并立,驻防、换防并举的军事体系。嘉庆、道光朝后,清朝面临着各种内忧外患的挑战,旗、营体系在同治年间的动乱中基本衰败零落。左宗棠西征,以湘军为代表的勇营异军突起,勘定新疆乱祸,勇营由此取代了旗、营成为主要军事力量。进入20世纪以后进行的编练新式陆军和改编巡防营军事改革,新疆编练的第三十五混成协和伊犁混成协成为实际意义上的近代化军队。清代遗留至民国的陆军、巡防营和其军事制度成为杨增新和金树仁主新军事力量的中坚,直至盛世才主政采用苏联军队编制对全疆军队进行整编,才彻底改变自晚清以来新疆军队以陆军和巡防营为两大基石的格局。杨增新主政时期(1912—1928)新疆省军包括陆军、新军(回队)和巡防营三个系统,受杨增新的直接领导与调遣,其编制承袭于清代,以营为基本建制单位,分散在全疆各主要城镇关隘。终杨增新17年治期,省军总兵额始终保持在15000—23000余人之间。综观杨增新时期新疆省军编制体制,兵种单一,编制混乱奇零,武器装备落后,其编制水平还停留在在清代湘军营制和清末新建陆军营制的阶段。金树仁时期新疆省军有陆军、巡防营、新军(回队和蒙哈回骑兵等),陆军在杨增新时期陆军基础上有所扩编,按照国民革命军“三三制”军队编制原则对陆军进行重新整编,这对省军的编制改革是一项崭新的改革与尝试,军队变革在一定程度上有所进步。除了对陆军大力扩编之外,金树仁将杨时十分重视的回队大量裁编,重编蒙哈轻兵,但是对各地的巡防营及其他部队则原封未动,保持杨时的编制与驻地。金树仁时期的军队编制特点可谓“新旧参半,无疾而终”,金树仁主新时间过短,军事改革在“倒金”浪潮中淹没无声。盛世才主新时期(1933—1944)新疆省军组织编制历经两次大的转变,前期是1933—1943年,这期间盛世才与苏联结为同盟,新疆省军受盛世才的直接领导指挥,参照苏军编制,以团为主要建制单位,兵种有步兵、骑兵、炮兵等;后期是投靠国民政府时期(1943—1944),省军又根据国民党军队编制对部分军队进行了整编,纳入国民政府第八战区部队序列,军队受国民政府调遣。军队的编制水平较之杨金时代有所进步,部队中各兵种的协同作战能力有所提高,结束了自清代以来一直得到延续的湘军营制、陆军营制和巡防营编制体制,在革除传统旧有编制方面有着积极意义。国民政府掌握新疆治权以后,为了加强对新疆的控制,从胡宗南系和青海马步芳系中调遣步队陆续进驻新疆。驻疆部队的军队编制在1946受到国民政府整编军队计划的影响国民政府取消集团军和军级别建制单位,缩编为师,师的规模也缩编,驻疆的第二十九集团军辖下第四十二军、新二军、骑五军等部队缩编为整编四十二师、整编七十八师和骑兵第一师。整编前后的新疆国民党驻军完全受国民政府的指挥与调遣。从清代八旗、绿营至国民党驻疆军队的编制变化可以看出,军队中军种成分有所增加,从单一陆军军种模式过渡到国民党时期陆空并存的模式;就兵种而言,兵种不断增加,兵种从清代的步兵和骑兵并举的模式逐渐发展成为步兵、骑兵、炮兵、工程兵、辎重兵、通信兵、汽车兵等多种兵种协同作战的模式,各军与兵种之间的职责分工越来越细且专业,军队的能动性和协动性不断增强,军队的战斗力也不断得到提高。可以说,民国时期新疆军队近代化程度在不断提高,但是与同时期内地个别省份和世界西方各国军队编制水平而言就显得落后了。