杜仲（Eucommia ulmoides Oliver）为我国特有的杜仲科落叶乔木,是传统名贵的中药材和重要的胶源树种,具有极高的开发利用价值,选育杜仲优良品种是其资源开发中重要的基础工作。单纯依靠传统育种方法培育杜仲良种耗时较长,无法满足生产需求,将分子标记辅助选择方法与传统育种相结合,可以缩短育种周期,提升选择效率,弥补传统育种的不足。本研究以1a生杜仲人工林自由授粉子代实生苗为材料,从约30万株1a生实生苗中进行超级苗选择。测定超级苗的表型性状,分析超级苗表型性状的差异,以苗高等6个目标性状,对超级苗进行各单一性状优良单株的初选。在前期杜仲高密度遗传连锁图谱构建和与重要数量性状基因定位的研究基础上,筛选与目标性状QTL紧密连锁的分子标记,建立杜仲分子标记辅助选择方法,对各单一性状初选优良单株进行复选。根据不同的育种目标,对各单一性状复选优良单株进行决选。本研究主要取得如下成果:（1）以苗高和地径2个指标对1a生杜仲自由授粉子代实生苗进行超级苗选择,选择出120株超级苗。（2）超级苗叶片芦丁、绿原酸和杜仲胶含量3个表型性状变异系数较大,其中叶片芦丁含量的变异系数为99.82%,变异幅度为0.02⁵.24mg·g^-1;苗高、地径和叶脉数3个表型性状变异系数较小,其中苗高的变异系数为4.98%,变异幅度为1.25¹.73m。（3）分析超级苗各目标性状间的相关性,结果显示超级苗叶片绿原酸含量与芦丁含量性状间存在极显著正相关,苗高与地径、苗高与叶片绿原酸含量性状间存在显著正相关,其它目标性状间的相关性不显著或呈负相关。后续研究可以根据各目标性状间的相关性分析结果,同时改良一个或多个性状,减少优良单株选择的工作量,提高选择的效率。（4）分析超级苗目标性状表型值与对应的分子标记或标记组合效应值之间的相关性,筛选出5个检测效率较高的分子标记或标记组合,可用于超级苗的分子标记辅助选择。分子标记或标记组合分别为:与树高相关的分子标记组合（em5me7-530和DZ200-350）,与地径相关的分子标记（em15me23-360）,与产叶量相关的分子标记（em31me26-160）,与叶片杜仲胶含量相关的分子标记（em49me3-150）,与叶片绿原酸含量相关的分子标记（em7me28-240）和与叶片芦丁含量相关的分子标记（em7me28-240）。（5）综合分子标记辅助选择和各单一性状优良单株初选结果,复选出苗高性状优良单株49株,地径性状优良单株17株,产叶量性状优良单株25株,叶片杜仲胶含量性状优良单株23株,叶片绿原酸含量性状优良单株22株,叶片芦丁含量性状优良单株21株。（6）根据不同育种目标,结合各单一性状优良单株复选结果,对复选优良单株进行决选。决选出高药用优良单株12株,高胶用优良单株11株,高生长优良单株11株。