民事撤诉制度作为民事诉讼法的重要一项制度,其立法的初衷是为充分尊重当事人的处分权,是私法自治原则在民事诉讼中的具体体现。作为法院审结案件的方式之一,撤诉制度设置的合理与否,直接关系到当事人诉讼利益的保护和私法秩序的维持。然而,由于我国现行民事诉讼基本法对民事撤诉制度缺乏系统性规定,存在诸多法律空白。撤诉制度所采用的法院单一许可方式,使得撤诉已然成为原告和法院间的诉讼行为,作为诉讼主体之一的被告,法律并未赋予其相应的程序参与权,程序主体地位被空前的漠视。按撤诉处理的设置,对于原被告相同的怠于诉讼行为,却规定了迥异的法律后果,对于同一行为不同处理的作法违背了诉讼当事人平等原则,也与诉讼程序公正的法理要求不符。此外,对撤诉后原告的再诉行为没有次数及其他相应的限制,为原告滥用诉权提供了一条安全通道,严重影响诉讼秩序的稳定与诉讼效益的价值追求相矛盾。对于撤诉后诉讼时效是否中断问题规定的缺失,造成司法实践混乱的同时,极易导致原被告之间权利状况的失衡。针对现行立法对撤诉制度中被告权利保障的缺失,如何对撤诉制度中被告的诉讼权利进行保障已然成为亟待解决之问题。为此,基于对我国现行侧重保护原告利益之撤诉制度的理论分析,深入透析民事撤诉制度中被告权利保护的缺失,参考其他国家和地区的先进做法,提出确立被告程序参与权,赋予答辩被告相应的撤诉同意权;重构按撤诉处理制度,将任何一方缺席诉讼的行为纳入缺席审判的调整,对于双方当事人均怠于参与诉讼之行为,适用按撤诉予以处理;对于撤诉后原告的再诉行为,借鉴美国的“两次撤诉规则”予以限制,敦促原告慎重行使撤诉权;明确撤诉后诉讼时效的计算问题,防止诉讼拖延;科学规定撤诉后诉讼费用的合理负担,均衡原被告双方利益。