近年来,绩效预算改革管理已经成为我国财税体制改革的重要工作,部门预算改革的深入工作,海关总署作为中央垂直管理的行政单位属于重要的预算单位拥有这完善预算管理的先进工作经验,并且取得了一定的改革成果。但海关工作在预算编制执行绩效评价等方面仍然存在许多问题,因此完善预算管理的工作,提高资金执行效益,继续深入对国家行政事业单位预算管理研究,实现依法预算具有重大意义。绩效预算管理在继续深入开展对行政单位的预算管理研究具有重大意义。从海关预算决算报告中可以发现预算的汇编控制不严格,预算执行过程与绩效评价时候存在许多不足。通过加强部门预算绩效可以有效优化经费管理,提高政府资金的执行效率,提升政府的资金管理效率。学者们关于绩效预算做了各方面研究,但是这些大部分都是针对部门预算制度方面的一些理论研究,忽视了绩效预算在实际基层单位的应用效果及困难。因此本文综合运用实际案例与理论相结合的分析方法,以DY隶属海关为例从预算汇编执行决算绩效效果多方位分析,分析了预算汇编的不确定因素,预算执行的科学性,预算绩效的现状等问题,并分析问题成因,同时借鉴绩效预算在国内外运用的经验,并结合我国预算管理预算绩效评价现状,提出海关绩效预算管理的对策。分析海关经费各个环节存在的问题及不足,结合行政机关事业单位经费管理近年度改革发展方向,提出加强经费管理和绩效预算的合理有效的建议,加强内部机构调整的主动适应,以改革为契机形成海关及所属事业单位及经济实体的新经济的增长点,继续发挥和弥补海关预算的缺口,优化海关财务管理的工作流程,规范海关经费管理已经成为了当务之急。