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金钟山植物种类丰富,有野生维管束植物1487种(含变种),隶属于193科725属。其中蕨类植物33科63属122种,裸子植物3科4属7种,被子植物157科658属1357种(含变种)。金钟山种子植物种数较多的科有荨麻科、榆科、防已科、忍冬科、葡萄科、壳斗科等。种子植物科中热带分布(2-7项)79科,占本区总科数49.38%;温带分布科(8-14项)32科、种子植物属世界分布48属,热带分布(第2-7项)404属,占本区总属数65.80%(剔除世界广布);温带分布(8-14项)197属,占本区系总属数32.08%,中国特有分布属13属,占本区总属数2.12%。金钟山区系具有一定的热带性质,具有古热带植物区系过渡到泛北极植物区系的特点,属泛北极植物区,中国—日本森林植物亚区的滇黔桂地区。同时也是中国—日本森林植物亚区植物区系到中国—喜马拉雅森林植物亚区植物区系的过渡地带。在植物地理学上,金钟山植物区系有着重要的意义。金钟山地处南亚热带西部,森林植被基带为南亚热带季风常绿阔叶林,由于人类对基带森林植被的长期利用和破坏,这类森林类型已消失。保护区处于亚热带常绿阔叶林西部半湿润区,森林植被具有亚热带常绿阔叶林东部湿润区向西部半湿润区过渡的特点,群落类型多种多样,种类组成丰富而复杂,以落叶栎林为主。采用数量分类方法和《中国植被》外貌-生态原则和优势度原则对森林植被进行分类,以群系为单位,共划分出针叶林、阔叶林、竹林3个植被型组,暖性针叶林、暖性落叶阔叶林、常绿落叶阔叶混交林、常绿阔叶林、暖性竹林5个植被型、29个群系,以暖性落叶阔叶林为主。植被随海拔而变化,形成有序的垂直带谱。从低海拔向高海拔,大体有4个分布带,海拔1000m以下为低山沟谷落叶阔叶林,1000~1200m为中山沟谷常绿阔叶林,1000~1500 m为常绿落叶阔叶混交林和落叶阔叶林,1500m以上为山地矮林和中山常绿阔叶林。采用物种多样性指数(物种丰富度、Simpson指数、Shannon-Wiener指数)测度金钟山森林植被群落的多样性,在植被型上常总体表现为常绿落叶阔叶混交林>常绿阔叶林>暖性针叶林>暖性落叶阔叶林>暖性竹林>山顶矮林。群落多样性指数也表现出随海拔高度变化的现象,群落多样性沿海拔梯度的变化规律是:物种丰富度和物种多样性指数随着海拔升高先升高后下降,呈中间膨胀型。植物生长型与群落多样性指数的关系大体表现为灌木层>乔木层、草本层,只是在高海拔地带的云南栎林、米槠+刺栲林、狭叶南烛林表现为乔木层>灌木层>草本层。