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随着非粮原料——木质纤维素燃料乙醇产业的发展,开发其生产废水处理及资源化利用技术,可以增加燃料乙醇产业的环境友好性和经济性,是燃料乙醇产业能否快速发展重要环节。本文首先采取高温厌氧-中温好氧-常温生物滤床耦合系统对玉米秸秆/玉米芯燃料乙醇废水进行净化处理,同时获得清洁能源沼气。对燃料乙醇生产过程中的高浓度蒸馏废水及高氨氮预处理废水净化工艺进行了研究。耦合系统由高温厌氧流化床实验（AFBR）,好氧气升式环流生物反应器（ALR）和曝气生物滤床（BAF）。在高温厌氧阶段,对燃料乙醇蒸馏废水进行一级处理时,在最优条件下:操作温度5455℃,水力停留时间（HRT）为48h,AFBR反应器连续长期运行,有机负荷达（OLR）14.1g-COD/L。d,同时甲烷产量达到280mL/g-CODremoved。然后在ALR反应器内共代谢降解处理厌氧出水和预处理废水,在操作温度3033℃,pH7.08.0,表观气速（μg）12mm/s,HRT为15h,COD和氨氮（NH4+-N）去除率分别达88.5%和96.7%。最后在BAF中对好氧出水进行深度处理,BAF在常温（18-25℃）下操作,气液比为6:1,HRT为5h,最终出水COD及氨氮降至65.1mg/L和3.9mg/L,达到国家废水一级排放标准（COD≤100mg/L,氨氮≤15mg/L）。16S rRNA分析显示高温厌氧活性污泥中产甲烷菌属以Methanoculleus和Methanosarcina为主,其它功能菌主要包括Clostridia;而好氧污泥中优势菌群主要为Sphingobacteria和Alphaproteobacteria。采用木质纤维素燃料乙醇废水做底物,进行了极端嗜热产氢间歇和连续过程的研究。通过批次反复富集获得极端嗜热产氢混合菌群。考察了温度和pH对间歇产氢过程的影响。在pH7.0及70℃下间歇实验氢气产率达到196.4 mL/g-VSadded;在CSTR反应器中,采用蒸馏废水连续进水,在HRT为4d的条件下,稳定产氢量达到172.0mL/g-VSadded;对稳定产氢的CSTR反应器（70℃,pH 7.0及HRT4天）中嗜热产氢菌群菌群构成采用基因克隆技术进行了研究,极端嗜热产氢菌群主要由Thermotoga和Coprothermobacter属的细菌构成。