基于重叠社区发现算法的大豆基因表达数据分析

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基因微阵列技术和RNA-Seq技术快速成熟发展,已经获得了大量物种的基因表达数据。基因表达数据反映的是生物细胞在某一时刻的基因转录水平,蕴含着细胞在不同环境下的分子活动信息。大豆是一种重要的农作物,有学者利用微阵列技术对其做了许多研究,获得了大量珍贵的基因表达谱数据。分析大豆基因表达数据中隐含的生物学信息,对于大豆抗病性研究,改良农作物品种具有重要意义。常见的基因表达数据分析方法有差异表达分析、分类以及聚类分析等。聚类算法属于无监督学习算法,已被广泛应用于基因表达数据分析领域,可以借助聚类算法对基因
其他文献
试验于2015~2016年在黑龙江农垦九三管局进行,以当地主栽玉米品种‘德美亚1’(D1)和‘德美亚2’(D2)为供试品种。在三个全展叶时期(5展叶期、7展叶期和9展叶期)喷施促进型调节剂激动素(KT)和延缓型调节剂烯效唑(S3307),以喷施清水为对照(CK)。研究了两类植物生长调节剂(PGRs)对玉米穗建成及产量的影响,系统研究了调节剂调控玉米穗建成及产量形成的影响,为化控技术在玉米生产上的推
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为了探讨黑龙江西部半干旱地区红小豆高产高效栽培技术措施,采用裂区设计,在平播、65 cm垄作、110 cm垄作方式下,研究了9、13、17、21、25万株·hm~(-2)的保苗密度对红小豆的株高、茎粗、叶面积指数、叶绿素含量、光合参数、干物质积累动态、子粒产量及子粒品质的影响。结果表明:1.红小豆的株高在结荚期前株高显著增加,后期株高趋于稳定,不同处理变化差异较小;红小豆的茎粗随着生育期推进,各处
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论文采用射频为主要热源、辅以热风对流的方式,研究了不同加热速率下,不同初始含水率玉米种子的射频-热风联合干燥动力学及品质,并与不同温度与缓苏频率下玉米种子的热风缓苏干燥动力学及品质进行对比。主要研究结论如下:(1)缓苏处理可以提高下一阶段热风干燥速率,且缓苏频率与热风温度越高,干燥总时间越短。随着缓苏频率下降、热风温度升高,玉米种子综合品质下降;但热风干燥10min后缓苏时,玉米种子发芽率和脱氢酶
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本研究于2015~2016年玉米生长季,通过对比转基因玉米田与对照田的节肢动物群落多样性,明确了转基因抗草甘膦(EPSPS)抗虫(Bt Cry1Ab)玉米DBN9936,转基因抗草甘膦(EPSPS)草铵膦(pat)玉米C0010.1.1和DBN9868对大田节肢动物群落多样性的影响,为转基因作物的生物安全提供基本数据。在田间隔离条件下,采用直接观察法和陷阱法等方法对大田节肢动物群落中节肢动物数量和
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氮素在提高作物产量中扮演着重要角色,也对环境有一定的影响,合理利用氮肥对促进能源高粱的可持续生产、发展我国生物质能源产业具有重要作用。本实验于2014年和2015年在内蒙古鄂尔多斯半干旱地区边际地,以甜高粱(Var.GT-8)和生物质高粱(Var.GN-11)为试验材料,通过测定土壤无机氮、土壤微生物量碳氮等指标,计算并比较在不同氮素处理下的土壤硝态氮积累量,土壤表观氮素盈亏量的差异和乙醇转化潜力
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甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam)是重要的块根类粮食作物,生物产量和淀粉产量高,淀粉是衡量甘薯品质的一项重要指标。高淀粉型甘薯育种一直是国内外甘薯育种的主要目标。甘薯是六倍体作物,自交不亲和、遗传背景复杂,甘薯EST信息和核酸序列相对较少,其分子生物学研究落后于玉米、小麦等作物。目前在甘薯淀粉含量方面的遗传研究多停留在QTL定位水平,鉴定到的分子标记与主效QTL距离较远并且标记检
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Dof转录因子是植物中参与多种生长发育过程调控,具有重要功能的一类蛋白质。目前对于Dof基因的研究主要集中在拟南芥中,功能可以分为组织分化、种子发育和代谢调控等方面。水稻Dof转录因子家族共含有30个基因,通过进化分析,我们可以将其分为7个亚家族,并且每个家族都存在大量特异、保守的motif。Dof基因在栽培稻和野生稻之间差异度较小,不存在明显的分化;Dof基因在栽培稻和野生稻中均存在明显的纯化选
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油菜是长江中下游地区的主要越冬作物之一,在我国粮油生产中占有重要地位。但由于该地区春季湿润多雨,导致油菜在春季经常遭受大面积的湿渍害,造成严重的产量损失。以往人们获取数据大多通过实验室分析以及田间调查、测量的方法。然而这些方法收集数据时效性较差,收集大尺度数据比较困难。近年来,随着卫星通信技术、空间定位技术、遥感技术和地理信息系统等对地观测技术的迅速发展和地球环境变化的加剧,人们对卫星遥感数据质量
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农作物的长势监测是农业气象观测的一个重要组成部分,可以为农作物种植田间管理、产量预报提供基础数据。长期以来,作物长势地面监测主要通过人工观测方式采集获取,靠观测人员到田间进行实地观测,这种方法主观性强且费时、费力。随着计算机技术和互联网在农业中的广泛应用,人工观测方法已不能满足现代化农业发展的需求。因此,亟需一种在线、实时、自动的观测方式来实现作物长势的监测。在大田环境下,利用成像设备结合计算机、
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冻融作用是东北地区常见的自然胁迫现象,春秋两季牧草常因寒流侵袭,受到冻融循环作用,容易出现生长不良、产量低等现象,降低了牧草的利用价值。目前,针对牧草的耐寒和耐盐碱能力的研究主要集中于单因素胁迫条件,有关冻融与盐碱复合胁迫下牧草的响应机制的研究甚少。紫花苜蓿(Medicago sativa)属于豆科苜蓿属多年生草本,作为人工草地的优质牧草,具有耐寒、耐盐碱、抗逆性强等优点,常被用于改良盐碱化草地。
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