目前我国企业内外部环境在不断变化,经济环境的复杂性和不确定性增加,企业面临着更多风险挑战,对于内部审计发展提出了更高的要求,要求内部审计在提高企业经营效率、规范企业内部管理、控制企业风险、增加企业价值等方面发挥更多作用。而只有当内部审计充分发挥效能,达到预期目标时,才能有效改善公司经营和促进公司发展。内部审计效能的发挥与其所在的环境密切相关,完善的公司治理是内部审计发挥有效性的前提和关键。因此,从公司治理视角研究内部审计部门职责履行的有效性,权限行使的充分性对于发挥内部审计作用十分重要。本文首先对A公司和B公司内部审计职权配置的现状进行比较分析,从内部审计职权配置的合规性和内部审计执行的有效性两方面分析两公司内部审计职权配置有效性存在的差异。其次,从公司治理角度深入剖析造成A公司与B公司内部审计职权配置有效性差异的形成原因,包括:公司股权结构差异、控制权配置差异、激励效果存在差距、约束机制发挥作用存在差距。最后,以公司治理及其对内部审计有效性影响的理论为指导,针对导致A公司与B公司内部审计职权配置有效性差异的形成的具体原因,提出完善公司治理提高内部审计职权配置有效性的对策,具体如下:一是调整股权结构,提高股权制衡水平;二是优化控制权配置,提高公司治理效率;三是完善薪酬体系,提高激励力度;四是健全内部控制,强化约束机制。本文以公司治理为切入点,将公司治理与内部审计职权配置有效性联系起来进行研究,提出了完善公司治理提高内部审计职权配置有效性的对策,对于优化公司治理结构,提高公司治理水平,进而提高企业内部审计职权配置有效性具有借鉴意义,有助于企业提高自身竞争力,实现企业的高质量发展。