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随着一系列序列特异性核酸酶例如ZFN、TALEN以及CRISPR/Cas9等的出现,基因组定向修饰技术发展的越来越快。它们可以通过目标基因组特定位点的高效特异性剪切,诱导实现DNA双链断裂,引发错配修复的非同源末端连接(nonhomologous end joining,NHEJ)修复或者精确的同源重组修复(homologous recombination,HR),从而实现针对特定位点的基因修饰。目前,已经有多种检测基因组定向修饰的方法被开发出来。最常用的方法包括基于异源双链的分析法(SURVEYOR、CEL-I或T7E1分析法等)、聚合酶链反应限制性片段长度多态性分析法和高分辨率融解曲线分析法等。然而,目前检测基因组定向修饰的方法在使用中有很多局限性。它们或者需要在定向修饰位点处存在合适的酶切位点,或者无法产生可用于测序的突变DNA片段,或者无法区分异源多倍体动植物中天然存在的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点。因此寻找更适用的定向修饰位点检测方法具有十分重要的意义。本研究将传统的单链构象多态性(single strand conformation polymorphism,SSCP)分型法应用于定向修饰检测当中,旨在得到一种更佳的基因组定向修饰检测手段。SSCP分析是一种简单、灵敏的点突变检测方法。它的基本原理是利用单链DNA序列中碱基的变化来改变单链DNA特定的构象,引发其在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中的迁移率发生变化。因此我们可以通过电泳产生的不同带型来区分野生型和突变型的DNA单链。本研究中,我们通过对SSCP分型法的胶浓度、胶配比、电泳电压、电泳时间等主要实验条件进行摸索和优化,建立了一套基于SSCP分型法检测植物基因组定向修饰位点的检测体系,并对该体系的重复性、灵敏度和检出效率等影响因素进行了分析。实验结果表明利用该体系进行目标位点系列突变模型检测时具有很好的可重复性和较高的分辨率,对于仅有一个碱基突变的序列也可以很好地进行分辨。影响检出效率的因素主要是扩增检测片段的长度以及突变位点在扩增片段中的位置等。本研究还针对水稻内源基因定向修饰位点进行了SSCP分型法分析。研究选取了OsDEP1、OsYSA2和OsROC5三个水稻内源基因修饰位点进行分析,分别对其原生质体样品和稳定转化突变体单株样品进行了SSCP分型。实验结果表明在原生质体样品中,SSCP分型法仅对转化效率较高的OsDEP1实现了基因分型;对OsDEP1、OsYSA2和OsROC5三个位点稳定转化产生的T0代突变体单株均实现了高效的基因分型,而且还可以很好的区分不同基因定向突变类型。