排污权交易作为一种用以解决环境问题的经济手段，其核心是在污染物排放总量控制的前提下，依托市场机制及环境资源的特殊性，通过交易实现污染物总量的削减、环境资源的有效配置和社会总污染治理成本的降低。自上世纪八十年代以来，排污权交易这种新型环境保护制度，得到各国青睐。我国从2007年开始在11个地区开展排污权有偿使用与交易的试点，重庆市作为试点城市之一，于2009年启动排污权交易工作，2015年全面实施排污权有偿使用及交易。在多年的试点工作中，重庆市排污权交易制度设计、后期监管等方面的问题逐渐暴露，值得政府部门及学者的关注与研究。　　本文对国内外污染物排放权交易的学术研究成果进行了系统梳理和分析，树立了排污权交易相关问题研究的切入点。在此基础上，采用访谈调查、查阅历史资料、文献研究等方法，从排污权交易理论基础、美国及国内其他试点城市排污权探索成果等方面，分析成熟的排污权制度设计及后期执行中必须重点解决的重点问题。进而针对这些问题，对比其他城市制度设计中的成功部分，对重庆市现阶段排污权交易实施中制度设计、核算方法、后期监管等方面的问题进行分析。　　分析得出，现阶段重庆市排污权交易实施中主要存在排污权法律地位不明确、初始排放权分配未与总量控制直接挂钩、排放权分配方法不科学、初始排放权基准价偏低、排放权使用计量方法标准不科学、排污许可没有全覆盖、排污交易市场信息公开不够、政府对排污权交易市场规制较多等八个主要问题。　　通过对比其他成功的案例，笔者认为，应从加快排污权相关国家法律或地方法规的制定、进一步理顺排污权有偿使用和交易制度与总量控制政策之间的关系、科学核算初始排放权、严格排放监测体系与数据质量控制、加大监管处罚力度、减少政府对排污权交易的干预、保障信息充分公开等七大方面予以完善，以推进重庆市排污权有偿使用及交易的深入实施。