项目管理是以项目为对象,由项目负责人运用系统理论和方法对项目及其资源进行计划、组织、协调、控制,旨在实现项目目标。项目管理把各种知识、技能、手段和技术应用于项目活动之中,以达到项目的要求。科研院所,是不同科研领域创新主体的重要承载单元,承担国家各类科研任务,培育国家科技人才,涵盖各学科领域的基础研究、应用研究、工程化研究。科研院所在管理上相较于高校拥有资源配置更加集中、人才队伍对应国家科研任务的针对性更强、学生培养集中研究生以上教育,学生对项目的参与度更大、争取的科研经费体量稳步提升、管理相对集中等特点。将项目管理应用于科研院所科研经费全过程管理,是科研院所结合国家科研经费管理办法,制定严格、全面的内控制度,切实落实法人责任制,将项目负责人“一支笔”、经费管理形式化、重科研轻管理的现状得到有效改善。单位科研项目管理、财务管理部门配置专门人员对科研项目经费从项目立项的预算编制,到项目预算执行期间到项目完成结题验收进行全过程管理。利用单位的资源管理系统植入预算模块,预算执行预警功能、将管理与监控并行,对项目负责人进行项目经费财务管理制度、法规、风险方面的培训与指导,降低财务风险,协助项目负责人完成项目。本文将首先介绍科研院所科研经费全过程理论体系,接着通过对国内外科研院所经费现状进行深入细致的调研,指出现阶段科研院所经费管理中存在的问题,提出项目管理在科研院所科研经费全过程管理中应用体系。然后,根据项目管理理论研究,完成科研经费全过程管理框架和体系设计。最后,总结项目管理在科研经费全过程管理体系中的应用的可行性与可操作性,介绍在具体操作过程中的难点及解决办法。本文的研究对加强科研院所科研项目经费管理工作,提升科研院所项目经费管理水平具有重要的现实意义。