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花鲈（Lateolabrax maculatus）是广盐性鱼类,在我国沿海地区均有分布,是上等的食用鱼类。花鲈在珠海市的产量分别约占广东省花鲈产量的80%、全国的50%,随着养殖规模扩大,密度增加,因病害问题造成的渔业损失越来越严重。由于缺乏长期系统的疾病学研究,花鲈养殖中病害及其发病机制的相关信息匮乏,导致防控技术的研究停滞不前。本研究针对此现象,对养殖花鲈进行周年流行病学调查,摸清一个养殖周期内病原种类与其时空变化的关系,分析病原生物特性及耐药性,同时结合环境和肠道微生物和耐药基因的分布,探讨疾病发生同微生物生态之间的关系。本研究在广东省珠海市花鲈养殖期采用定点定时采样同发病随机采样相结合的方式进行流行病学调查,细菌性病原确诊采用培养法分离纯化鉴定,病毒性病原采用巢氏PCR检测,寄生虫采用镜检法,摸排了珠海6个花鲈养殖场的病害情况。获得的疑似病原菌分别用纸片扩散法（K-B法）和斑马鱼攻毒试验进行药敏试验和毒力检测。随后利用16S rDNA扩增子测序和q PCR对花鲈肠道和养殖水体进行细菌组学和耐药基因检测,分析细菌分布、水质因子、耐药基因之间的相关性。本研究主要研究结果如下:（1）花鲈流行病学调查中,爱德华菌（Edwardsiella）和气单胞菌（Aeromonas）是本次调查的主要致病菌,爱德华菌检出率与气单胞菌检出率呈现正相关（P<0.05）。爱德华菌在全年均有较高的检出率,最低为50%左右,其中5月、7月和12月为分离高峰期,而气单胞菌检出率较爱德华菌有所降低,全年检出率波动较小。但本研究在5月发现有链球菌（Streptococcus）检出率爆发增长,6月、7月和10月有诺卡氏菌（Nocardia）检出率突增。花鲈养殖期真鲷虹彩病毒（Red Sea Bream Iridovirus,RSIV）全年均有检出,4-5月为主要的爆发期,其分布不受地理位置和养殖模式影响。花鲈苗期赤点石斑鱼神经坏死病毒（Red-spotted Grouper Nervous Necrosis Virus,RGNNV）和RSIV均能够检测到,其中RGNNV在苗期检出率高达100%,是危害花鲈苗最主要的病原。寄生虫主要以指环虫（Dactylogyrus）为主,其数量变化除爱德华菌外与其他病原无明显相关性。（2）本研究中共分离96株爱德华菌和105株气单胞菌,通过gyr B基因鉴定出87株杀鱼爱德华菌（E.piscicida）和75株维氏气单胞菌（A.veronii）。耐药谱分析显示,杀鱼爱德华菌对利福平（98.85%）、麦迪霉素（96.55%）、红霉素（95.40%）有较强的耐药性,对复方新诺明（28.73%）、阿莫西林（21.83%）、庆大霉素（13.79%）、新霉素（10.34%）、呋喃唑酮（3.45%）、诺氟沙星（2.29%）、氯霉素（2.29%）、多西环素（2.29%）、土霉素（1.15%）、氟苯尼考（1.14%）、恩诺沙星（0%）较为敏感;维氏气单胞菌对麦迪霉素（98.67%）、阿莫西林（98.67%）、利福平（85.33%）、青霉素（84.00%）、磺胺甲恶唑（82.67%）有较强的耐药性,对庆大霉素（2.67%）、呋喃唑酮（1.33%）、新霉素（1.33%）较为敏感。杀鱼爱德华菌共有32种耐药谱型且均为多重耐药菌株,多重耐药指数为0.423;维氏气单胞菌共有39种耐药谱型且均为多重耐药菌株,多重耐药指数为0.305。斑马鱼攻毒结果显示杀鱼爱德华菌和维氏气单胞菌均为中高毒力菌株,进一步的相关性分析揭示,杀鱼爱德华菌毒力与土霉素和氟苯尼考抗性呈正相关（P<0.01）,与呋喃唑酮抗性呈正相关（P<0.05）,维氏气单胞菌毒力与复方新诺明呈正相关（P<0.05）,其作用途径可能为直接连锁表达或通过生物适应性和代偿突变途径实现。杀鱼爱德华菌毒力与利福平和多西环素抗性呈负相关（P<0.01）。其作用途径可能为生物适应突变途径。（3）水体16S rDNA测定结果显示花鲈养殖池塘中主要为放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,肠道以厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门、拟杆菌门为主。水体中气单胞菌检出率与浮霉状菌门（Planctomycetes）呈现负相关;爱德华菌检出率与芽孢杆菌纲（Bacilli）和伯克氏菌科（Burkholderiaceae）呈现正相关,爱德华菌检出率与鱼孢菌科（Sporichthyaceae）呈现负相关（P<0.05）。肠道中气单胞菌检出率与放线菌门呈现正相关,爱德华菌检出率与未鉴定的蓝细菌科（Cyanobacteria）呈现正相关（P<0.05）。耐药基因结果显示20个耐药基因检测目标中,水体和肠道中均有11个被检出,水体中磺胺类基因sul1和大环内酯类基因ere A是主要的耐药基因,肠道以磺胺类基因sul1为主。水体和肠道RDA冗余分析中高丰度种群仅拟杆菌门与耐药基因呈正相关。环境因子中PO43—-P与水体中耐药基因呈现正相关,NO2--N与肠道中耐药基因呈现正相关。本研究中耐药基因传播可能以拟杆菌门为主,环境因子PO43--P和NO2--N可能分别为水体和肠道的耐药基因传播的推动力。其中花鲈养殖池塘水体随时间增加,耐药基因相对丰度逐步减少,肠道耐药基因与水体耐药基因差距甚远。