芽苗期低温冷害是影响高纬度地区玉米生产的重要因素,耐冷性遗传机制和全基因组预测研究将为玉米耐冷性资源创新和品种选育提供重要的基础。以265份优良玉米自交系为材料,分别在芽期和苗期两个时期进行了室内低温胁迫,测定芽期和苗期与耐冷性有关的各项指标,并利用相关性分析、主成分分析和聚类分析等分析方法,对玉米芽苗期耐冷性进行了综合评价,并根据综合耐冷性D值对265份玉米自交系耐冷性进行分类;利用GBS-SNP基因型数据和耐冷性相关表型性状,采用四种统计模型进行全基因组关联分析,以筛选与目标性状相关的SNP标记。基于覆盖基因组的高密度标记和芽苗期的表型数据,开展玉米芽苗期耐冷性全基因组预测研究,为玉米芽苗期耐冷性育种提供重要的理论依据和技术支持。主要研究结果如下:1.共测定了芽期发芽率、发芽指数、芽长、根长、芽鲜重、根鲜重、芽干重、根干重和苗期电导率、叶绿素值、F0、Fm、Fv/Fm、Fv/F0共14个玉米耐冷性指标。通过主成分分析,确定了五个主成分,分别是芽鲜重主成分、PSⅡ原初光能转换效率（Fv/Fm）主成分、最大荧光（Fm）主成分、电导率主成分和叶绿素值主成分。通过计算芽苗期综合耐冷性指数（D）值将265份玉米自交系划分成了5个耐冷级别,其中高度冷敏感型材料有12份、中度冷敏感型的材料有54份、冷敏感型的材料有85份、中度耐冷型的材料有105份、高度耐冷型的材料有9份,其中编号83号材料综合耐冷性最强,D值为0.79。2.利用玉米芽苗期15个耐冷性指标与281396个SNP标记,基于GLM模型、MLM模型、Farm CPU模型与Blink模型进行全基因组关联分析,共定位到与低温性状相关的SNP标记605个,其中检测到芽期显著性位点221个,苗期显著性位点357个,综合耐冷性D值显著性位点27个,被两个及以上耐冷性指标共同检测到的显著性位点共有39个。3.根据关联分析筛选出的显著性位点,共关联到基因71个,与芽期性状关联的基因40个,与苗期性状关联的基因26个,与综合耐冷性D值关联的基因5个。4.对玉米芽苗期15个耐冷指标,利用RR-BLUP模型采用5倍交叉验证的方法进行全基因组预测研究。预测精度从大到小依次是芽长、发芽指数、发芽率、芽鲜重、F0、D、Fm、根长、根鲜重、芽干重、根干重、电导率、Fv/Fm、Fv/F0和叶绿素含量。分别对预测精度最大的芽长指标和预测精度最小的叶绿素含量指标进行训练群体大小和标记密度对预测精度的优化,结果表明,当训练群体达到50%,标记密度为500个时,可以达到较好的预测效果。