动脉粥样硬化相关lncRNA表达谱分析及初步筛选

来源 :新疆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhongxuhong
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目的:本研究将应用高通量测序技术进行全转录组测序,筛选差异表达lncRNA,进一步在组织和血液样本中通过PCR验证参与动脉粥样硬化形成过程中关键lncRNA,明确并预测与其相关的靶基因,为动脉粥样硬化早期诊断及治疗靶点提供理论依据。方法:1.获取5例动脉粥样硬化斑块组织及5例正常人体血管内膜组织,进行RNA(mRNA,lncRNA和miRNA)基因表达谱测序。2.通过转录组测序获取三种RNA(lncRNA、mRNA、miRNA)差异表达水平,并对差异表达基因进行KEGG及GO功能富集分析。3.筛选前10个显著差异上调lncRNA和显著差异下调lncRNA,进行lncRNA-mRNA共表达网络分析,构建ceRNA网络,预测靶基因。4.在组织样本及血液样本中通过PCR筛选及验证显著差异表达的关键目标lncRNA。结果:1.转录组基因测序结果显示:89个miRNA上调,42个miRNA下调;4677个mRNA上调,2347个mRNA下调;707个lncRNA上调,250个lncRNA下调2.差异lncRNA相关靶基因KEGG及GO分析结果显示,免疫和炎症反应、T细胞因子途径等在动脉硬化形成中可能发挥重要作用3.通过筛选20个目标lncRNA相关分析,预测下游2个miRNA(hsa-let-7c-5p,hsa-miR-3194-3p)和9个mRNA(PPP1R15B、THBS1、BTN3A2、GOLGA7、MLEC、RAB11FIP1、SVOP、TBPL1、TTC9)可能与动脉硬化形成有密切联系。4.在lncRNA水平,组织样本PCR验证初步筛选结果显示,4个lncRNA(LINC01094、HIF1A-AS2、HCP5、ENSG00000257027.1)在动脉硬化组织中显著上调;5个lncRNA(ACTA2-AS1、MAGI2-AS3、LINC01278、PRKG1-AS1、LOC102724804)在动脉硬化组织中显著下调。血液样本PCR验证结果显示,LINC01094在颈动脉斑块性狭窄患者中显著上调;ACTA2-AS1、ENSG00000257027.1在颈动脉斑块性狭窄患者中显著下调。结论:1.免疫和炎症反应、T细胞因子途径等在动脉硬化形成中发挥重要作用。2.目标lncRNA相关分析显示miRNA(hsa-let-7c-5p,hsa-miR-3194-3p)和mRNA(PPP1R15B、THBS1、BTN3A2、GOLGA7、MLEC、RAB11FIP1、SVOP、TBPL1、TTC9)可能与动脉硬化形成有密切联系。3.PCR验证结果显示,上调LINC01094和下调ACTA2-AS1、ENSG00000257027.1可能在作为动脉粥样硬化诊断标志物和治疗方面有重要意义。
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