从20世纪初相对论和量子力学诞生之后,作为方法论的整体论被人们进一步重视。本文首先系统论述了整体论的起源,总结归纳出了整体论的基本观点和特征。整体论在不同的研究领域有不同的理解角度,大体分为两种:一种是物理学家、化学家和生物学家从事物的结构和功能上理解的整体论,即整体有着被还原为各个部分的加和所不能具有的结构、性质、特征和功能;另一种是中医学家、生态学家、环境学家、社会学家从思维方式层面上理解的整体论,即整体论作为一种思维方式,对事物的认识应当是整体性的、联系性的。基于对整体论的理解,本文又从整体论指导下的毛发形态学这门新兴的具体科学出发,通过对毛的形态结构(包括:长度、细度、颜色、鳞片、皮质、髓质等)与其功能之间的关系、在动物分类鉴别中的应用、与动物生存环境及其变化之间的关系等相关科研成果的分析、归纳、总结,系统研究了整体论对毛发形态学的指导作用:1)开辟了功能形态学研究领域。在研究毛发形态结构尤其是研究毛发的形态分化和趋同进化时,应重视形态与功能之间的关系,这样才能更准确地揭示现象的本质,并归纳出其变化规律。2)完善了毛在哺乳动物分类鉴别中的应用。进一步研究动物毛发形态结构的种间差异,获取更多物种的毛扫描电镜图像信息和毛微观结构数据信息。同时,在利用毛发对动物进行分类识别过程中,注重采样的代表性、完整性和观察的客观全面性,掌握鳞片类型的整体情况,才能得到更准确的结论。3)与哺乳动物生态学建立广泛联系。毛发形态学研究应与生态学建立广泛联系,通过动物毛的形态结构能够分析、判断动物所生活的季节和地理种群来源等。综上所述,将整体论作为毛发形态学研究的方法论是科学的、可行的。在整体论的指导下,毛发形态学的科研与教学注重多学科交叉、多角度研究并进行综合,才能使之沿着科学的路线深入发展。