基于雷藤舒(LLDT-8)干预的类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA芯片数据分析及相关基因的进一步验证

来源 :上海中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zb_lion
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目的:  通过TNF-α联合IL-17诱导类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)建立体外模型,观察(5R)-5-羟基雷公藤内酯醇((5R)-5-hydroxytriptoli,LLDT-8,雷藤舒)干预后的相关lncRNA芯片数据分析,对芯片报告中分析得到的差异转录因子及lncRNA进行验证分析;在前期实验LLDT-8干预的RA FLS基因芯片结果的基础上筛选Toll样受体通路进行验证,为LLDT-8运用于临床治疗RA提供科学依据。  方法:  运用Aglient芯片技术检测体外培养的RAFLS的相关基因表达的情况,筛选具有差异表达的转录因子,分别用RT-PCR法和Western-blot法进行验证;并对其中有差异的lncRNA进行PCR验证;在前期基因芯片结果的基础上,挑选Toll样受体通路上相关基因进行PCR验证。  结果:  1.实验组和对照组筛选出具有差异表达基因的lncRNA共有433条,其中参与上调的基因189条,参与下调的基因244条。2.1ncRNA与mRNA共表达结果分析,发现每个lncRNA都有相关共表达的mRNA。3.根据每个lncRNA相关的mRNA的功能进行统计分析,前200位功能图显示类风湿关节炎处于13位,前500位功能图显示类风湿关节炎排在第9位。4.结果显示lncRNA的cis-和trans-两种调控机制,部分基因有cis-调控机制如IL-8、CXCL1、CCL8等;具有trans-调控机制的与RA相关的转录子包括STAT3、JUN、FOS等。5.从结果中筛选具有差异表达的转录因子STAT3、JUN、FOS,LLDT-8干预后其mRNA和蛋白水平均表达明显抑制,与芯片结果一致。6.筛选与RA相关lncRNA验证,结果显示NONHSAG055091、NONHSAT076747、ENST00000560769在LLDT-8干预后其表达明显抑制,与芯片结果一致。7.Toll样受体通路上的相关基因显示在LLDT-8干预后明显抑制。  结论:  在LLDT-8对TNF-α联合IL-17诱导RAFLS体外实验中,基因芯片结果分析了有差异表达的基因,并且对lncRNA进行功能预测,挑选与RA相关的信号通路,和具有调控机制的相关转录因子,及其有关的lncRNA进行验证,验证结果与芯片结果一致,在前期基因芯片结果的基础上,挑选Toll样受体信号通路上重要接头蛋白进行验证,实验结果与基因芯片结果一直,为进一步的临床运用提供科学依据。
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