随着社会经济的发展，耕地资源不断减少已然成为各级政府高度关注的热点问题。基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，其地段和肥力等各条件都较优越，特别是在郊区城市化进程中往往成为首选建设发展用地，其保护工作受到严重威胁。地方社会经济发展亟需占用优质耕地资源，而中央下达地方政府的基本农田保护指标任务艰巨，致使地方基本农田保护工作面临两难境地。基本农田是确保人类生存所需要生产粮食的耕地，只能从事粮食等农产品的生产，从土地利用总体规划层面限制其转变为非农建设用地，这也就等于强制其彻底放弃了通过转变用途得以实现的发展权效益。基本农田保护具有明显的正向外部性效应，基本农田的使用者、所有者几乎承担着全部的保护成本，基本农田的保护所带来的各种效益是由全体社会成员共同分享，其对放弃发展权的损失理应得到社会的补偿。基本农田保护补偿是指政府财政对列入基本农田保护区范围内的耕地承担保护责任的农民和村集体进行经济补偿的行为。现有基本农田保护补偿的基础理论与研究方法，为设计激励相容的基本农田经济补偿机制提供坚实的理论依据，从补偿目标、补偿原则、补偿标准、补偿的总体评价模型、补偿的主体及分配方案、补偿的资金制度六个方面，构建基本农田保护的经济补偿机制总体框架。建立可供参考的基本农田保护的经济补偿机制，构建可供操作的经济补偿评估数学模型。由于基本农田保护补偿正是对其所丧失的变更用途的权利损失的补偿，因此，基本农田保护的经济补偿额即是耕地发展权的市场价格。对于保持农用地利用状态的基本农田价值评估，可以参考相关研究成果评估测算社会价值、经济价值和生态价值的总和；而对于非农化后的建设用地价值，则可以参照城乡交错地带的工业用地和居住用地的土地市场交易信息来评估确定，以此构建基本农田保护的经济补偿机制与数学评估测算模型。