党的十八届三中全会《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》指出，要“推广政府购买服务，凡属事务性管理服务，原则上都要引入竞争机制，通过合同、委托等方式向社会购买”，进而将“政府购买服务”、“引入第三方中介机构评估”推向了新的高潮。目前，除民办高校外，我国高校普遍存在“所有者缺位”的问题，由于教育资源的稀缺性，有限的财政拨款与无限的资金需求之间的矛盾日益尖锐，资金使用效率低、财政教育资源不能合理配置等问题层出不穷。高等教育财政投入绩效的第三方评估是近年来新生的一个话题。目前，我国尚未形成一套完善的包含评估程序、指标体系、评价方法、评价结果的应用、独立性与风险性的分析等在内的第三方评估模式，许多现有的研究基本上都是利用全国或者省市总括的数据展开评析，并不是以辖区每所高校为评价对象，更不是从第三方的视角进行独立评估，这便弱化了评估结果的目的性和有效性。基于以上的考虑，本文以会计师事务所、资产评估公司等专业公司评估模式为例，从独立第三方的视角探讨高等教育财政投入绩效评估的模式创新与指标重构问题。主要的研究成果如下：（1）系统构建了包含模式选择、指标体系、评估方法、评估流程、风险性与独立性分析等在内的第三方评估模式；（2）构建了基于DEA的高等教育财政投入绩效的指标体系，并从效率性、效果性、可持续发展性、绿色性角度展开综合评价，其中绿色性是本文的一处创新；（3）以单个学校数据为样本，计算和分析了浙江省省属17所普通本科院校的绩效值及规模效率低下和投入冗余或产出不足状况；（4）提出了建立健全高校财政经费投入绩效拨款及问责制度、增强高等教育财政投入绩效评估的柔性等政策建议，尤其是对当前我国第三方评估规范制定、评估主体确定、监督和管理等亟待解决或完善的问题提出了建设性的意见。在研究方法上，本文首先通过文献与调查相结合的方法对高等教育财政投入绩效评估的理论进行分析，阐述了第三方评估的理论基础。接着，在实证分析部分，本文主要运用主成分分析法（PCA）筛选出适合浙江省的关键绩效指标，用DEA法测算效率性，再用功效系数法对效率性、效果性、可持续发展性、绿色性指标进行无量纲化处理，由此得到最后的绩效总分。