“三农问题”是关系国计民生的重大问题，如何更好实现农村经济的快速发展，帮助农民迅速脱贫，缩小城乡差距，稳固基础农业是我国长期的发展战略。农产品是农村经济发展的主要支撑点，通过打造以农产品为载体的价值链，重塑农户的价值理念，拓展农户的收入渠道，盘活农村经济，才能实现农产品高效、高质流通。农产品作为供应链的价值核心，既承载着价值，同时又串接着利益，其质量安全极为重要。农民专业合作组织是联结分散农户的有力而且有效的载体，因此，从农民专业合作组织出发，探索农产品质量安全的解决之道，无疑将成为农产品质量安全体系中不可或缺的一环。本文以农民专业合作组织为研究对象，以农产品质量安全激励与监管为研究主题，构建相关理论模型分析农产品质量安全管理问题，进而提出农产品质量安全管理策略。本研究的主要内容包括三个部分。首先，考虑生产激励、质量竞争激励、农超供应链质量安全努力因素，刻画了农户与合作组织新型互惠委托—代理关系，并将互惠行为引入委托-代理模型，分析了合作组织与农户的安全生产激励问题。结果表明：合作组织互惠效应越强，农户最优质量安全努力水平越高。通过构建合作组织参与下农户质量竞争模型，发现最优质量努力水平与农户自身占有的资源及努力成本控制技术紧密相关。通过考察“农超对接”供应链模式下合作组织与超市的质量努力问题，探讨了不同条件下的最优订货量、销售价格和合作组织最优努力水平。其次，研究了农超供应链，应用演化博弈，引入质量努力水平参数，刻画了农民专业合作组合和超市对于农产品质量安全策略，同时，分析了政府激励下和消费者引导下策略的演变。指出农超对接不同的发展阶段，应该给予不同的激励。通过分析政府激励下和消费者引导下演化均衡发现，合适的政府激励和有效的消费者评价会促使农超供应链质量努力水平向高水平移动。第三，从监管角度出发，研究了合作组织情境下的监管新变化，包含了农产品新型监管制度、合作组织参与农产品质量管理案例、农产品质量管理相关策略建议三方面内容。引入新型监管机制，以三分监管为基础，以合作组织为监管主体，结合科学的监管理念和方法，从消费者评价、农产品风险、合作组织能力，提出上游农产品监管的新模式。选取了养殖业、水果业、蔬菜业等三个不同产业内合作组织参与农产品的质量管理实践，强调了合作组织对农产品质量安全管理的作用。在此基础上，从制度、技术、人才、宣传等四个方面提出相关策略建议。最后，对全文研究进行了回顾，并对今后更深入的研究方向提出自己的见解，同时讨论了本文的不足。