我国牛乳行业迅速发展的同时,特种家畜乳也逐渐得到开发利用,但其营养特征尤其是氨基酸（Amino acids,AAs）构成（AAs指纹）特征缺乏系统的研究评价,哪种家畜乳AAs模式更接近人乳,家畜乳AAs是否也像蛋白质一样有种属差异,AAs指纹可否建模实现家畜乳真实性判别,都值得借助新策略、原理和方法进行新一轮研究。本研究从内蒙古、广西和四川三个地区采集荷斯坦牛（牛）、蒙古马（马）、双峰驼（驼）、山羊、水牛和牦牛六种家畜乳代表性样品55份,对全乳、酪蛋白和乳清蛋白18种AA进行两轮测定,进行数据质量检验,获得312组数据进行描述性统计、主成分分析（PCA）和必需氨基酸（EAA）营养学评价。结果表明,六种家畜全乳、酪蛋白和乳清蛋白氨基酸绝对含量（mg/g）差异极显著（P<0.01）。以氨基酸百分含量（氨基酸/总氨基酸,%）即AAs指纹进行PCA分析,六种家畜乳样本在三维空间的聚类符合物种分离学规律,牛、牦牛、山羊和水牛四个牛科（Bovidae）动物乳样聚类在同一个区域,而马乳和驼乳分别远远聚类另两个区域。六种家畜乳酪蛋白和乳清蛋白的AAs指纹存在物种差异。酪蛋白的物种聚类效果最佳,家畜乳氨基酸物种特异性足可建立稳健的真实性判别模型。FAO/WHO发布的混合人乳AAs指纹与家畜乳的差异更大,全乳PCA人乳空间投射点距六种家畜乳聚类群很远,而后者相对互相接近;人乳与马乳最近,其次为驼乳;酪蛋白AAs的PCA中,人乳与牛科动物聚类相对最接近;乳清蛋白AAs的PCA中则与山羊乳清更接近;整体乳清蛋白AAs更接近人乳。家畜全乳、酪蛋白和乳清蛋白的必需氨基酸模式（EAAP）与人乳的差异显著（P<0.05）。PCA分析显示山羊和马全乳的EAAP与人乳接近;水牛和牦牛乳酪蛋白的EAAP则相对接近人乳;乳清蛋白EAAP分析中,人乳则与骆驼、牦牛、马和山羊乳依次接近。总之家畜全乳、酪蛋白和乳清蛋白都不能完全替代人乳。有机和非有机牛乳AAs指纹明显不同,提示乳AAs指纹还与饲料和饲养模式相关。对家畜全乳、酪蛋白和乳清蛋白AAs指纹分别建立SIMCA物种真实性判别模型,内部验证正确率均100%,外部验证酪蛋白AAs模型准确率最高,为98.19%,乳清的最低,为87.78%。人乳AAs判别与六种家畜乳都不符合,但相对乳清蛋白AAs指纹比全乳和酪蛋白的更接近人乳。化学计量学聚类分析比传统描述性统计和氨基酸营养学评价,更能直观全息呈现乳AAs特征,为评价乳品营养和真实性提供了创新策略、原理和方法。