生物体受到外界环境的刺激是多种多样的,要对如此多样的刺激作出应答以维持自身的稳定就需要多个蛋白质之间的相互配合,即蛋白质相互作用,这是近十几年来蛋白质组学研究的重点之一。经外界环境刺激后引发的蛋白质相互作用,按照作用程度可以分为瞬时型作用和牢固型作用。有研究显示,蛋白质相互作用通常对外界不同刺激的应答相对稳定,非相互作用的蛋白其变化幅度却相对明显,对瞬时刺激引起的应答调节有显著效应。因此,我们推测在生物体受到外界刺激后,非相互作用的蛋白往往通过各种联系调控细胞应答以应对外界的瞬间刺激。针对上述问题,我们利用生物信息学的方法,结合基因表达谱与蛋白质相互作用的数据进行深入研究。本研究以酵母和大肠杆菌作为研究对象。首先,通过整合两种模式生物的基因表达谱与蛋白质相互作用关系的数据,构建了蛋白质相互作用正负样本集,结合基于Pearson相关系数的共表达基因,分析了受到外界刺激后,生物体内有相互作用的蛋白对与非相互作用的蛋白对之间的关系。结果显示,两物种在应激反应之后至恢复稳态的时间内,相互作用的蛋白对与非相互作用的蛋白对之间的变化差异极显著（P<2.2e-16）,且通过对比发现非相互作用的蛋白对的基因表达谱具有较高的变化幅度。然后,设定阂值,筛选出Pearson相关系数r≥0.75且经受环境刺激后共表达系数上升幅度大于0.1的基因,用于构建网络。通过对网络中的基因进行富集分析,我们发现大部分基因主要富集在核糖体的合成,氨基酸的合成/代谢,能量代谢等途径,而这些途径均与蛋白降解和蛋白合成有关,即通过蛋白替代的方式快速的完成细胞状态的改变。最后,为了寻找共表达调控的共性,我们将共表达基因与对应的蛋白质相互作用网络相结合。通过对蛋白质相互作用网络的深入分析以及对基因共表达的研究,我们更清楚的认识到细胞的表达调控不是对单个基因的调控,而是以某种机制将一簇基因关联起来,从而对整体进行调控。本研究不仅为理解生物体应答外界环境刺激的作用机制提供了重要线索,而且通过整合与分析不同类型的数据,加深了对共表达机制在生物大分子网络中重要性的认识。