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梨分子遗传图谱的构建和农艺性状的基因定位对于挖掘梨基因资源,促进梨分子辅助育种有重要意义。本文首先利用NCBI的GenBank数据库和GDR数据库中梨EST序列筛选SSR序列用于开发砂梨SSR引物；并用这些引物对砂梨‘西子绿×喜水’F1群体遗传多样性进行分析；再应用“双假测交理论”(Double pseudo-testcross),利用砂梨杂交F1代群体(西子绿×喜水)构建砂梨基于SSR、EST-SSR和RAPD等3种分子标记的遗传连锁图谱；最后利用BSA法筛选控制砂梨褐皮性状的分子标记,并对其进行了基因定位分析。主要的结果如下：1、利用NCBI的GenBank数据库和GDR数据库中梨EST序列,筛选到60个SSR序列,分布于54条EST中,其中二核苷酸重复基元出现频率最高达51.7%,三核苷酸重复基元占25%,六核苷酸重复基元最低,仅为1.7%。23种重复基序中AT重复基序出现频率最高。根据54条含SSR序列的EST设计25对EST-SSR引物,其中14对引物在‘西子绿×喜水’F1杂交群体中获得有效扩增,9对引物呈现多态性,多态性引物占设计引物的36%。这些引物在F1群体中扩增产物的等位基因数(No)平均为2,有效等位基因数(Ne)平均为1.9324,平均杂合度观察值(Ho)和期望杂合度(He)分别为1和0.4809。2、以‘西子绿×喜水’的F1代群体为试材,对SSR、EST-SSR和RAPD标记在F1代群体中分离方式及分离比例进行了分析。结果表明：在P=0.01水平上,SSR标记呈孟德尔分离和偏孟德尔分离的频率分别为91.8%和8.2%；EST-SSR标记呈孟德尔分离、偏孟德尔分离和异常分离的频率分别为66.7%、22.2%和11.1%；RAPD标记呈孟德尔分离与偏孟德尔分离的频率分别为94.5%和5.5%。采用JoinMap3.0软件,对120对SSR引物、9对EST-SSR引物和45条RAPD引物扩增所得的有效标记位点进行连锁分析,构建了‘西子绿×喜水’的分子遗传图谱,含有162个分子标记,其中SSR标记53个、EST-SSR标记2个、RAPD标记107个,分属19个连锁群(LG1-LG19),连锁群LOD值在2.0-8.0之间,总长度覆盖梨基因组901 cM,标记间平均距离为5.63 cM,图谱覆盖率为56.8%。3、采用SSR标记筛选与砂梨果皮色泽性状相连锁的分子标记,从120对多态性SSR引物中筛选出CH05g02和NH015b在DNA池间存在差异；经后代群体验证和遗传连锁分析证实,CH05g02位点与砂梨果实褐色性状相连锁；经克隆测序,该SSR标记长度为114bp,命名为CH05g02114。该标记与控制砂梨果实褐色性状位点的遗传距离是4.6 cM,并定位于分子遗传图谱的LG5连锁群上。