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利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术，对吕四海区的三种重要的水产贝类：文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)的遗传多样性进行了分析和比较。用60个随机引物对三种贝类共24个样品进行随机扩增，从中选取了45个扩增效果比较稳定的引物用于群体分析，共得到了250个位点。根据Nei氏公式计算出3种贝类种间和种内的遗传相似性指数和相对遗传距离，并进行聚类分析。通过比较分析，三种贝类之间的遗传距离0.2785、0.2739、0.2805要明显大于三个种群内遗传距离0.1904、0.1931、0.1615。青蛤、四角蛤蜊种群内的遗传距离0.1904、0.1931要大于文蛤的种内遗传距离0.1615。三种贝类之间的遗传距离0.2785、0.2739、0.2805差异不显著。 利用ISSR(Inter Simple Sequence Repeate)分子标记对文蛤(Meretrix meretrix)两个地理种进行了PCR扩增。用100条ISSR引物对江苏文蛤和辽宁文蛤基因组DNA进行扩增筛选，挑出条带清晰，稳定可靠的引物13条，每条引物检测出的位点数从1到8不等，平均每条引物可检测到位点数4.6个。从本实验所用的样品得到的结果来看：江苏文蛤的多态性80.7％要高于辽宁文蛤的多态性68.4％；种群内平均遗传距离0.3105±0.090也要大于辽宁文蛤0.2658±0.044。从筛选得到的引物可以发现：文蛤简单重复序列中AG碱基含量比较高。通过对不同实验条件的对比，对ISSR-PCR反应体系进行了优化。 通过两种分子标记对文蛤的初步分析，实验结果表明：青蛤、四角蛤蜊种群内的遗传距离要大于文蛤的种群内遗传距离；相对于四角蛤和青蛤，文蛤的种质有退化的迹象；与辽宁文蛤相比，江苏文蛤种群内遗传距离相对要大；江苏文蛤的位点多态性较高，仍存在较大的遗传改良潜力。