随着供应链管理思想的发展,越来越多的企业认识到供应链系统协调是提高供应链竞争力的重点问题。由于利益的原因,在建立合作伙伴关系中,双方之间往往存在着对抗和竞争,需要供应链系统节点企业达成协调合作的关系。然而,协调合作关系的建立不可能是一蹴而就的,而是需要在供应链系统节点企业供应链系统成员之间竞争和合作动态演化中的行为特性不断的动态调整并相互适应中逐渐形成。因此,需要深入分析供应链系统成员之间竞争和合作动态演化中的行为特性,从而推进供应链系统协调关系的建立,提高供应链系统的竞争力。本文以系统工程思想为基础,将混沌理论与博弈理论相结合,运用理论模型分析和动态仿真的方法对供应链系统协调问题进行系统研究。这是对传统供应链管理理论的必要补充,对完善供应链系统协调理论和实践有一定的理论参考价值,对推动混沌理论走向经济管理实际也有一定的实践指导意义。主要的创新性工作和研究结论如下：(1)提出了供应链系统协调的三个层次观,即同级企业间的竞争型协调、上下游企业间的合作型协调、供应链系统与环境的适应型协调,并提出了将混沌理论与博弈理论融入到供应链系统协调问题的研究脉络。(2)以产量博弈模型为基础,从静态和动态两个角度深入研究了两家同级企业间产量的协调问题,说明了同级企业建立竞争型协调的必要性,并为他们建立竞争型协调管理提供了理论基础。其中动态产量协调分析是运用混沌理论,开创性地对产量调整速度变动引起的产量混沌等复杂动力学行为及相应利润的协同变化进行了综合研究；然后结合双方博弈策略特征,选用了参数自适应反馈控制方法有效地把产量博弈系统的混沌状态引导到均衡状态；进而探讨了产量上限控制对同级企业平均利润的影响,从而提出供应链系统同级企业间竞争型协调的措施。(3)研究了上下游企业间的价格和库存协调问题。以随机需求下的Stackelberg产品博弈定价问题为基础研究供应链系统上下游企业(制造商与零售商)之间的价格协调策略；通过理论模型推导和基于均匀分布以及拟正态分布随机需求下的模型仿真分析,对比研究了基本条件、信息共享、集中决策及非共享信息时的4种价格折扣策略情形下,供应链系统最优订货量、最优利润和价格策略,理论分析结果与数值仿真结果完全一致,并符合实际情况,为上下游企业选择合适的价格协调措施提供理论参考。此外,基于包括制造商和零售商的供应链系统模型,运用数值模拟的方法,研究了供应链系统中零售商库存相对于价格折扣率指数的混沌行为,创新性地提出了采用反馈控制制造商产量的方法,实现了零售商库存的稳定性；最后并利用shapely值法解决了联合库存管理中仓库建设费用分摊问题,为供应链系统上下游企业间的库存协调提供了理论参考。(4)分析了供应链系统与环境的适应机理,基于演化博弈模型研究了政府引导传统供应链系统核心企业实施绿色供应链管理的条件,提出了供应链系统与环境相适应的内部演化和外部激励的双重协调机制,引导供应链系统核心企业采取绿色供应链管理。(5)结合理论研究结论,对煤炭行业供应链系统协调措施初步进行了案例分析。对同级煤炭企业间的产量的竞争型协调、上下游企业间的煤炭价格的合作型协调及煤炭行业供应链系统向绿色供应链系统演化的问题进行了分析,并提出了对策建议。