中国汉族Graves病的全基因组扫描基因定位研究及家系流行病学调查

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Graves病(Graves’ disease,GD)是一种常见的器官特异性自身免疫病,是自身免疫甲状腺病(Autoimmune thyroid disease,AITD)之一。遗传因素在本病的发生中起重要作用。但是,GD并不遵循典型的孟德尔式遗传,其遗传易感性可能由多个外显率不同的基因所决定,并受环境因素的影响,这就给GD易感基因的研究带来了很大困难。尽管进行了大量的研究,但GD发病的遗传学机制至今尚未阐明。目前对GD易感基因的研究绝大多数为关联研究,所研究的候选基因为可能参与GD自身免疫过程的相关基因。然而,仅人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)基因和细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4(Cytotoxic T lymphocyte associatedantigen-4,CTLA-4)基因与GD的相关性得到了较为普遍的认可。但是,关联研究所确定的相关基因有可能是在疾病总的遗传易感性中所起作用较小的基因。连锁分析则是确定疾病主要易感基因的最有效途径。对HLA及CTLA-4基因与GD连锁关系的研究所得结论不一,有研究表明CTLA-4和HLA基因与GD相连锁,也有的研究得出与之相反的结论,这种研究结果的不一致可能是各研究对象的遗传背景不同所致。一项对白种人的研究表明染色体20q11区与GD相连锁,提示该区域存在主要的GD易感基因。为了确定中国人GD的主要易感位点,并研究CTLA-4基因所在的2q31-q33区、HLA基因所在的6p21区、以及染色体20q区是否存在与中国人GD相连锁的位点,我们对54个中国北方汉族GD多发家系进行了全基因组扫描连锁分析研究,并对上述三个染色体区进行了仔细筛查。碘是人体所必需的微量元素,是合成甲状腺激素的主要原料。一些流行病学调查提示碘摄入量与AITD的发病率和甲状腺自身抗体的产生明显相关;过量的碘摄入影响已患AITD者的病程和治疗。动物实验也表明,碘摄入量增加能加重具有遗传倾向的AITD动物模型的自身免疫性甲状腺炎。但是,目前尚无碘对于具有明确AITD遗传倾向人群作用的文献报道。另一方面,对于GD多发家系这样具有高度遗传易感性的人群,甲状腺自身抗体与功能异常的发生情况如何,目前尚不清楚。针对这些问题,我们调查了GD多发家系成员中甲状腺自身抗体与功能异常的发生情况,并研究了碘摄人量对GD发病率和甲状腺自身抗体产生的影响。方法 1.全基因组扫描。采用277个微卫星筛查54个GD多发家系(322名个体,其中GD患者139人),这些微卫星覆盖了22条常染色体和X染色体,其平均间距为13.4厘摩(centimorgan,。M),平均杂合度为71%,均选自Genethon连锁图。抽取所有受试者的静脉血,以酚一氯仿法抽提基因组DNA。以基因组DNA为模板,采用复合PCR的方法扩增目的片断。PcR产物由MegaBASE 1000 DNA测序仪检测。基因分型采用Genetic Profiler软件。连锁分析采用参数法与非参数法连锁分析。在参数法连锁分析中:两点LoD(肠g;。of the。ddsfor link娜)值的计算采用llNKAGE软件。设定疾病呈显性或隐性遗传湿性遗传的外显率设为30%、60%和90%,隐性遗传的外显率设为30%、60%、90%和100%;GD的人群患病率设为1%,设定Hardy一Weinberg平衡,根据计算时所采用的遗传方式和外显率调整疾病基因频率;微卫星的等位基因频率由家系资料计算。由于本研究中两点LoD值呈阳性(LOD>0.1)的位点其最大LoD值均出现于重组率(e)>0处,提示遗传异质性的存在,故我们应用GENEHUNTER软件中的遗传异质性检验,计算在存在遗传异质性的情况下,各阳性位点的两点及多点LoD值,参数设定同各微卫星取得最大两点LoD值的参数。同时计算各位点的多点非参数连锁(Nonparametrie link娜,NPL)值。 2.为了确定染色体Zq31一够3、6衅1及20q区是否也存在与中国人GD相连锁的位点,我们对这三个区域进行了仔细筛查。两点LOD值的计算采用llNKAGE软件,分别计算疾病在呈显性及隐性遗传,外显率分别为30%、50%、70%、和90%时,疾病位点与微卫星的重组率分别为O、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5时各微卫星的两点LoD值。多点LOD值的计算采用GENEHUN,rER软件,分别计算在上述遗传方式及外显率下,各微卫星的多点LoD值。同时应用 GENEHuNTER中的遗传异质性检验,计算在存在遗传异质性的情况下,各位点的多点LOD值。疾病基因频率及微卫星的等位基因频率计算方法同上。多点NPL值的计算采用GENEHUN咒R软件。为了估价本组家系资料检测连锁的能力,我们采用SIMUNK软件模拟了54x100个与本研究完全相同的家系。疾病基因频率与外显率的设定同参数法连锁分析。计算结果表明,本组家系资料在每种遗传模式下均足以检测连锁:当微卫星与疾病位点间的重组率为0.01时,可得到的平均最大LOD值为6.4(隐性遗传、外显率为30%时)到l8.6(显性遗传、外显率为90%时);当微卫星与疾病位点间的重组率为0.05时,可得到的平均最大LOD值为3.6(隐性遗传、外显率为30%时)到9.2(显性遗传、外显率为90%时);模拟运算还表明,本组家系资料有能力在巧cM的范围内拒绝连锁。我们所选用的覆盖上述三个区域的微卫星的最大间距均在15cM以下,故若这些微卫星均不与GD相连锁,我们可以排除这些区域存
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