税收制度与会计制度同属规范经济行为的专业领域，税收制度服务于国家，国家通过税收的形式筹集资金，为全社会提供公共产品，弥补市场失灵，服务于公共利益，目标是提高社会福利；会计制度则服务于社会公众，其会计信息的使用者是多方位的，包括所有者、经营者、雇员及其他外部使用者。由于两者所服务的对象不同，导致两者存在诸多差异，而这些差异必然会增加纳税人遵从税收制度和会计制度的成本，加大税务人员、财会人员、理解和执行具体政策规定的难度。而且由于两者同属于经济法的范畴，具有相对同一的前提条件，对同一事物有不同的规定会造成制度效率损失。基于此，本文结合税收和会计的相关理论，从税收制度与会计制度的关系及其演变过程为出发点，以现行税收制度和会计制度为依据，全面系统地从税收制度与会计制度两者的基本层面，如目的、原则、制定机构、处理程序和方法等方面进行比较，并从会计要素的角度比较两者在资产、负债、所有者权益、收入、费用、利润等方面存在的差异；从两者实质层面，具体以企业所得税和增值税为例进行实证剖析，以收入确认、成本扣除的时间不同为准划分的永久性差异和时间性差异两方面进行比较。分析由于差异造成的税收、会计各方面的影响，借鉴国外处理差异的成熟税会模式，提出解决我国税收制度与会计制度差异的方法，即以两者的协调为基准，逐步调整二者的目标定位，减少二者的差异项目数量，对于必需分离的项目予以适度分离，凡能统一的项目尽量保持一致，加强两者的配合，并提出协调的总体设想。