中药挥发油是中药中一类重要的药效物质，其分离与分析已备受关注。本论文针对中药挥发油复杂体系的气相色谱—质谱(GC-MS)联用仪器分析中，经常遇到的一些问题，开展了较为系统地研究工作。论文第一章绪论部分首先简要综述了中草药的一些发展现状，针对我国中医药面临的一系列问题，尤其是为实现中草药标准化、现代化与国际化存在的困难，简要介绍了与中草药质量检测和控制密切相关的分析科学学科的发展。论述了近年来我国中药质量控制模式的发展状况，中药指纹图谱在中药研究中的应用，化学计量学新学科的产生及多元分辨技术的发展为二维联用色谱仪器在中草药分析方面的应用提供了新的途径。同时简要阐述了程序升温保留指数(PTRI)在中药复杂体系分析中的重要性及其应用。第二章对木香同名异物的三种药材的挥发油成分进行了研究。利用气相色谱-质谱(Gas chromatography-mass spectrometer，GC-MS)联用仪，并借助直观推导式演进特征投影法(HELP)对其挥发油化学成分进行了定性定量的比较研究，证明不同科的木香之间有效成分差异较大，不能混用。马兜铃是一种常用中药，药材中含有的马兜铃酸具有肾毒性；其地上部分为天仙藤，地下部分为青木香。本文第三章利用子窗口因子分析法(Sub-window factor analysis，SFA)分别对马兜铃地上和地下部分挥发油的GC-MS联用色谱二维数据进行解析，并初步引入了保留指数(RI)，结果显示地上和地下部分成分也不相同，且挥发油中不含有马兜铃酸。第四章综述了恒温保留指数(RI)和程序升温保留指数(PTRI)的发展情况的基础，通过对肉桂、紫苏等中药的分析，用实例进一步说明了PTRI在中药成分定性分析，特别是对同分异构体的鉴别中的应用。