利益输送问题是公司治理一个重要的研究领域，其本质是股权集中带来的控股股东与中小股东的利益冲突，体现为控股股东对中小股东利益的侵犯。金字塔结构是控股股东利益输送行为的载体，关联交易是利益输送的主要途径。我国资本市场金字塔结构和关联交易普遍存在，使得资本市场上恶性利益输送行为频发，中小股东利益受损，影响了投资者对资本市场的信心。本论文基于金字塔结构的视角，重点研究终极股东关联交易利益输送行为的影响因素和发生机理。　　本论文对利益输送的相关文献进行了系统的梳理，概括出利益输送行为理论发展和局限性。以组织行为学相关理论为基础，借鉴有限理性和机会主义行为假设，运用数理模型，剖析了利益输送行为的构成要素和运行机理，在对金字塔结构和关联交易进行分析的基础上，阐述了金字塔结构下终极股东关联交易利益输送行为的理论框架，提出了基于结构(S)和动机(M)的两个研究视角。以系统论为基础，将结构细分为组织结构、控制结构和权差结构，研究了终极股东通过三维结构影响利益输送的机理;以心理学和行为学为基础，将动机分为所有者动机、管理者动机和两者合一动机，研究了三种动机对终极股东利益输送行为的影响机理。运用我国上市公司金字塔结构和关联交易的相关数据，对上述两种研究视角的理论进行检验，得出了初步的结论。　　本论文的主要创新点:①对利益输送的相关文献进行了系统的梳理，确定以金字塔结构下的终极股东关联交易利益输送为研究的突破口，在对利益输送行为机理进行一般性分析的基础上，提出了利益输送行为的成本收益制衡分析模式;阐述了金字塔结构下终极股东利益输送行为的理论框架，并提出了金字塔结构下终极股东利益输送行为的运行机理的结构/动机分析框架。②提出结构的三维分类，揭开金字塔结构的“黑箱”，重点研究了终极股东如何通过金字塔结构要素（包括链条数、层级数、现金流权、控制权、复杂程度）影响利益输送的收益成本，进而影响利益输送行为的机理和路径。③按照主体的角色提出了利益输送的动机的三种分类，剖析了三种动机影响终极股东利益输送行为的机理和路径;④对上述两种视角下的形成的理论进行了实证检验，根据检验结果提出了相关政策建议。