本文以探讨供应链的复杂性特性为前提，以供应链系统复合评价为研究目标，以供应链结构和运作状况为研究对象，以不确定性分析、可靠性理论和自组织理论为理论基础，以数据包络分析为评价的基本方法，对基于复杂性的供应链系统的不确定性、可靠性，以及经济性和发展潜能进行复合评价研究。对下述问题进行了系统研究： (1)依据自组织理论对供应链系统特性进行研究，利用耗散结构理论对供应链内、外部各因素的变动对供应链整体影响进行分析。 (2)分析供应链结构和运作过程，这部分从两方面进行；一是分析、了解和掌握供应链设计及营运过程中结构的变化和对营运效果的影响；二是对供应链现有的运作模式进行详细分析，了解供应链运作机理。这部分的研究为对供应链的结构和运作过程的不确定性和可靠性分析提供理论支持。 (3)在对供应链的复杂性分析的基础上，对其结构、运作和环境的不确定性进行分析，研究供应链不确定性的度量方法，并对供应链的结构不确定性、运作不确定性和环境不确定性的度量分别进行研究，给出定量方法。 (4)对基于复杂性下供应链可靠性进行分析和量化。从结构、运作两方面对供应链的可靠性进行定义、分析和量化。 (5)由于不确定性、可靠性和经济性及发展潜能的衡量指标属性和量化所使用的模型完全不同，没有现成的数学模型将这些不同属性指标加以复合评价。因此，这部分将研究用于不同属性的指标评价模型的集成，建立了基于复杂性的供应链的复合评价模型。