大豆油脂合成基因家族的适应性进化研究

来源 :华北理工大学 | 被引量 : 3次 | 上传用户:ziling_net
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目的对大豆和拟南芥、苜蓿、百脉根、番茄、葡萄6个双子叶植物的全基因组进行比较基因组学系统发育分析,确定油脂合成基因家族,大豆油脂合成基因受环境的选择情况,发生基因丢失和基因置换进行遗传重组,探索大豆油脂合成基因家族的适应性进化规律。方法以大豆、拟南芥、苜蓿、百脉根、番茄、葡萄为研究对象,同源比对搜索确定油脂合成基因家族成员,构建系统发育树。利用共线性分析软件对物种基因内、物种间的同源染色体片段进行推断,结合同源基因组结构分析,确定多倍化产生的重复基因片段。对油脂合成基因进行正选择分析、基因置换分析,结合多倍化产生的重复基因的特征,推断该基因家族适应性进化与多倍化的关系。结果在大豆、拟南芥、苜蓿、百脉根、番茄、葡萄中筛选4215个油脂合成基因,其中大豆有1259个基因。基因组同源结构分析,发现大豆自身、大豆和其他5个物种存在大量的DNA重复片段;大豆1259个油脂合成基因中有16.68%的基因参与基因转换,80.04%的基因处于全基因组加倍的共线性区。正选择分析结果表明,大豆中的部分油脂合成基因受到了正选择影响。结论基因组加倍事件产生的重复基因为家族进化提供遗传基础,油脂合成基因在不同程度上受到了正选择,以此更好的适应环境。
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