南京医药股份有限公司(以下简称南京医药，股票代码600713)成立于1951年，于1996年在上海证交所上市，是国内医药流通类首家上市公司，已成为跨地区、集团化、网络型企业。市场覆盖苏皖闽等地区及鲁豫川疆部分地区，服务46000多家客户，其中三级医院200家，二级医院近500家，年均复合增长率达到38％。近五年来连续位列中国医药流通业前五位;连续数年位列江苏省内同行业排名第一。　　上海医药集团股份有限公司(以下简称上海医药，股票代码601607)是吸收合并了上实医药、中西药业，“三合一”重组而来，现为上海发展生物医药产业的龙头企业，主要从事医药研发与制造、分销与零售。公司拥有信谊、广东天普、第一生化、新亚、常药、药材、青岛国风、胡庆余堂、正大青春宝等一批核心生产制造企业，生产涵盖化学制剂、生物制剂、中药和保健品、化学原料药等领域产品。公司分销规模位列华东和上海最大、全国名列前茅，分销渠道遍布中国几十个省市。　　本文收集了南京医药和上海医药两家上市公司的基本背景和经营状况，对两家公司2006至2010年的三大财务报表进行对比分析，通过两家公司的基本财务指标，营运能力，盈利能力和现金创造能力等多个指标进行横向和纵向比较，通过历史趋势分析和同行业比较分析，对两家上市公司的财务战略和财务政策进行评价并制定财务矩阵，最终根据分析结论提出对两家公司的财务建议。　　随着全民健康意识的提升和人口老龄化的到来，医药行业面临巨大发展机遇。国家医药行业十二五规划明确提出要加快医药行业的发展结构优化和提高行业集中度，这就给上海医药和南京医药创造了做大做强的机遇。从两家公司分析结果看上海医药已经领先一步，财务状况和经营能力均超过南京医药，可持续发展能力强。南京医药盈利能力还较弱，价值创造能力较低，公司应尽快寻找战略合作伙伴，在资本市场获得融资，加快收购扩张并提升盈利能力。