在我国，行政事业单位是一类特殊的组织，承担着促进经济文化发展、维持社会秩序等重要职责，提高行政事业单位的工作效率和管理方式尤为重要。目前，我国行政事业单位普遍存在管理水平较低和风险防范意识淡薄等问题，建立健全其内部控制系统是解决这些问题的方案之一，如何提高行政事业单位内部控制效果，从而提升其服务社会的质量成为重要课题。
　　本文首先，阅读和整理国内外大量重要文献、著作及观点，分析和归纳了内部控制的国内外相关理论成果，以《行政事业单位内部控制规范》为指引，结合委托代理及新公共管理理论，将在企业内部控制中发挥重要作用的COSO框架运用到行政事业单位内部控制中。其次，通过调查研究，以C事业单位的内部控制效果为具体案例，定量分析其“三公”经费、固定资产管理以及合同管理等业务的控制效果，再以控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通和监督活动等内部控制五要素为分析基础，利用调查问卷和访谈的结果，定性分析内部控制带来人员感受和单位风气变化方面的效果。最后总结出行政事业单位内部控制中普遍存在的控制环境不完善，内控监督乏力，控制活动不健全等问题。针对性地提出了要通过提高领导层对内控的重视程度、建立全员参与内控的意识;健全内部监督体系、借力外部审计来强化内控监督;设立落实岗位职责分工、设置合理的分权授权机制来完善控制活动等手段来增强内部控制效果的建议。