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鹅喉羚是生活在亚欧大陆荒漠、半荒漠地区的重要荒漠有蹄类动物,是我国二级重点保护野生动物,国际自然与自然资源保护联盟(IUCN)将其列为易危种(VU级)。近半个世纪以来,由于自然灾害和盗猎、过牧、矿业开采等人类活动的一些因素,鹅喉羚栖息环境不断恶化,生境片段化和破碎化,全球范围内的鹅喉羚野外种群数量都在急剧下降,对鹅喉羚的保护已经刻不容缓。我们通过对新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区栖息的鹅喉羚mtDNA Cyt b和D-loop区序列分析,采用邻接法(NJ)和最大似然法(ML)分别构建鹅喉羚mtDNA的Cyt b和D-loop区序列的单倍型发育树,拓扑结构相同,均显示2个主要的分支;在中介网络图(Median-joining network)中同样被划分为较为明显的两支。对Cyt b区2个分支的研究表明:分支1和分支2的分化水平(Fst=0.57887)很高,2个分支间的基因流水平(Nm=0.18)很低;对D-loop区2个分支的研究表明:2分支间的遗传分化程度很大(Fst=0.60106),遗传交流较少(Nm=0.17)。通过Cyt b和D-loop两种方法计算2个分支的分歧时间分别为0.08 Mya和0.086Mya。对鹅喉羚线粒体DNA Cyt b序列分析得到单倍型多样性(Hd)为0.855,核苷酸多样性(π)为0.00224;对鹅喉羚线粒体DNA D-loop序列分析得到单倍型多样性(Hd)为0.964,核苷酸多样性(π)为0.02077,因此本区域鹅喉羚的单倍型多样性颇高,但是核苷酸多样性较低。运用Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验法分别对Cyt b和D-loop序列进行种群扩张事件检测,并且对序列做核苷酸错配分布分析,得出Cyt b序列的检测结果很显著,核苷酸错配分布分析呈现出明显的单峰泊松分布,这都表明新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区栖息的鹅喉羚在某段时间可能有过适应其生存和发展的环境条件,使得其种群发生明显的群体扩张和持续增长,而D-loop序列的检测结果不显著,且核苷酸错配分布分析呈现出明显的多峰分布,这表明种群没有发生过明显的群体扩张和持续增长事件。两种结果不一致是因为Cyt b和D-loop基因的进化速率存在差异,需要通过核DNA分子标记进行进一步的验证。由瞪羚属内系统发育树可见鹅喉羚、印度瞪羚、居氏瞪羚和细角瞪羚是从瞪羚属中较早分离出来的种类,鹅喉羚与印度瞪羚的亲缘关系最近。研究结果可以指导新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区制定科学的荒漠有蹄类保护管理措施,为保护我国鹅喉羚的遗传资源提供依据。