股权结构安排作为公司治理机制的一个重要组成部分，近年来一直是学术界关注的热点，合理的股权结构，可以强化公司内外部治理，对公司绩效的提高有重要作用。股权结构的不同，造成了公司控制权归属的差异，对公司内部监督、激励、约束、权利制衡等也会产生较大影响。国内外众多学者对股权结构如何影响公司绩效进行了持久的争论，但从实证结果来看，学术界还未达成统一的共识。我国大部分上市公司经历了股权分置改革，具有浓厚的“中国特色”，再加上某些行业的特殊性，因此，对于股权结构和公司绩效之间关系的研究依旧具有实际意义。本文以医药行业79家上市公司为样本，利用2009到2011年三年的面板数据进行实证分析。分别从股权性质、股权集中度、股权制衡度和股权构成四个方面反映医药上市公司股权结构状况，以托宾Q值、净资产收益率（ROE）、总资产收益率（ROA）作为被解释变量，构建回归模型，借用SPSS软件、STATA软件进行数据处理，探讨了股权结构的四个方面如何影响公司绩效。采用多指标的分析方法，使得到的结果稳健性更强。经过对医药行业股权结构进行实证分析，我们可以得到如下结论：1.股权性质与公司绩效正相关，非国有控股企业绩效相对较高；2.股权集中度与公司绩效存在倒U型曲线关系，股权集中度过高或者过低均不利于绩效的提升。3.股权制衡度与公司绩效呈倒U型曲线关系，存在一个最佳的制衡比例。4.国有股份比例与公司绩效负相关，法人股比例与公司绩效正相关，公众股持股比例与公司绩效相关性不明显。最后，本文以前文的实证研究结论为依据，结合医药行业的特殊性，提出了相应的建议，对完善医药企业公司治理结构有一定的参考价值。