进入新世纪以来,科技革命迅猛发展,各国之间的竞争逐渐从政治、经济、国防等领域转移至科学技术领域。随着科研活动重要性的不断增强,在科研管理工作中进行效率评价成为迫切需求。高等院校作为我国科学研究体系中的重要组成部分,对高校科研效率进行研究有益于科研资源的合理配置与充分利用。本文基于科技评估及高校科研的独特性,构建了高校科研投入产出指标体系,通过典型相关分析充分论证了该指标体系适用于数据包络分析。研究选取教育部直属的64所高校作为研究对象,利用数据包络分析C~2R及超效率DEA模型对研究对象2016年的科研投入产出数据进行静态分析,并结合Malmquist指数,对研究对象2010-2016年的科研投入产出数据进行动态分析。研究发现:(1)2016年,教育部直属高校整体技术效率良好,在纯技术效率及规模效率方面均存有改进空间;中部地区高校相对效率低于东部及西部地区高校。(2)2010-2016年来,教育部直属高校科研活动全要素生产率有所下滑,资源配置及利用方面效率均有降低;西部地区高校全要素生产率下滑趋势更为明显。研究认为,尽管近年来我国高校科研取得了瞩目成就,但仍应当保持足够的紧迫感,把握科研规律,合理利用科研资源。