NKX2-5、TBX5和GATA4基因多态性与广西壮、汉族人群先天性心脏病关系及其功能验证

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目的NKX2-5、GATA4和TBX5是目前研究较多的与先天性心脏病(Congenital heart disease,CHD)相关的主要心脏转录因子,从胚胎发育开始,GATA4、NKX2-5和TBX5等多种转录因子通过单独或者相互作用共同影响心脏的形成过程。有研究发现,NKX2-5、GATA4和TBX5等转录因子的缺失或者异常将影响相关通路的表达和心肌的发育,从而导致室间隔缺损(Ventricular septal defect,VSD)、房间隔缺损(Atrial septal defect,ASD)等先天性心脏病的发生。本课题将研究NKX2-5、GATA4和TBX5基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与广西壮族、汉族人群CHD遗传易感性的关系,并对CHD的相关位点进行功能验证。方法采用以医院为基础的病例对照研究方法。纳入广西壮族、汉族ASD病例68例、VSD病例158例;纳入非心脏相关疾病患者234例做为对照组,以年龄、性别和民族对两组进行频数匹配。运用流行病学现场调查方法获取研究对象的基本情况与病历信息,采集其外周血并提取基因组DNA。通过美国国家环境健康科学研究所(National Institute of Environmental Health Sciences,NIEHS)数据库对NKX2-5、GATA4和TBX5基因SNP进行筛选,获得符合要求的多态性位点分别为NKX2-5:rs6882776,TBX5:rs11067101、rs883079、rs3782467,GATA4:rs867858、rs904018、rs804287、 rs4841588。选用TaqMan-MGB实时荧光定量聚合酶链式反应(real time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RT-PCR)法对所有位点进行基因分型。使用SPSS18.0软件分析相应位点SNP与CHD遗传易感性的关系,所用统计方法包括t检验、χ2检验和多因素Logistic回归模型。利用软件Haploview 4.2对每个位点的对照组样本进行哈迪-温伯格平衡(hardy-weinberg equilibrium,HWE)检验。对实验中发现的与CHD遗传易感性有统计学关联的位点,通过microRNA.org数据库(http://www.microrna.org/)进行功能预测,若是微小RNA(microRNA,miRNA)潜在靶位点,利用网站http://snpinfo.niehs.nih.gov/snpinfo/snpfunc.htm及SNPInFO软件对有潜在作用的miRNA进行筛选。最后通过双荧光素酶报告基因实验验证该位点对筛选出的miRNA的靶向结合作用。结果(1)纳入对象情况:纳入的病例和对照在年龄和民族的分布无统计学差异(P>0.05),性别的分布差异具有统计学意义(P=0.007),但VSD组和对照组在年龄、性别和民族的分布差异均无统计学差异(均有P>0.05)。(2)HWE检验:经HaploView4.2软件检验,位点rs904018对照组基因型频率不符合HWE (χ2=126.39,P=0.000),其他位点的对照组基因型频率均符合HWE(均有P>0.05)。(3)基因型频率与CHD发病风险关系:经统计分析,位点rs4841588基因型GT/TT能增加CHD的发病风险,rs867858位点基因型AC/CC能增加CHD的发病风险,也能单独增加ASD的发病风险。而rs883079位点基因型CT/TT能降低CHD的发病风险,也能单独降低ASD和VSD的发病风险。未发现其他多态性位点与CHD的发病风险相关联。(4)民族、性别分层分析:以民族和性别作为分层变量进行分析,发现位点rs4841588、rs867858和rs883079的基因型频率与CHD的发病风险的关联有统计学意义。(5)交互作用分析:经统计,rs804287和rs11067101位点之间(OR=0.877,95% CI:0.784-0.981,P=0.021)、rs4841588和rs867858位点之间(OR=1.082,95% CI:1.005~1.163,P=0.035)存在基因-基因交互作用。(6)双荧光素酶检测实验:功能验证实验结果显示,转入miR375 mimic野生质粒组的相对荧光素酶活性值为:21.35±1.47;未转入mimic的野生质粒组为:22.95±0.96;转入miR375 mimic的突变型质粒组为:24.19±0.52,后两者与前者差异均无统计学差异,均有P>0.05。结论SNP位点rs883079突变可能降低CHD的发病风险,rs867858和rs4841588突变可能增加CHD发病风险。CHD的发病可能具有民族和性别差异。rs883079位点不是miR-375与靶基因TBX5的结合位点。
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