目的：分析2003、2008年新疆维吾尔自治区政府对医疗机构的补助在城市和农村不同经济水平人群中分布的现状，比较2003、2008年自治区政府对医疗机构补助在不同人群中分布的公平性，评价政府对医疗机构补助的目标效率，为政府卫生投入政策的调整提供依据。　　 方法： 利用2003、2008年自治区十五个地州市卫生财务年报资料和2003、2008年新疆维吾尔自治区居民健康调查数据，采用受益归属的分析方法，计算家庭消费性支出水平，家庭等值成年人口数，将人群按等值人均消费性支出从低到高排序进行五等分组，测算政府医疗机构补助在城乡不同经济水平人群、不同时期分布的集中指数及Kakwani指数，绘制集中曲线，评价补助在人群中分布的公平性及其变化。　　 结果：①新疆维吾尔自治区政府卫生支出由2003年23.5亿元增长为2008年71.5亿元，其中医疗卫生服务支出2003年占64.0%，2008年占52.3%；②与2003年比，自治区居民两周患病就诊率从10.6%上升至11.8%，农村从8.5%上升到11.0%，城市无明显变化；全区年住院率从6.3%上升至11.0%，农村从5.6%上升到11.6%，城市从7.5%上升到10.3%；③2003年自治区政府医疗机构补助中门诊补助、住院补助和医疗总补助的集中指数分别为0.26、0.42、0.36均为正值，绝对公平性差；Kakwani指数分别为-0.17、-0.01、-0.07，除门诊补助外，Kakwani指数均接近0；④2008年自治区门诊补助、住院补助和医疗总补助的集中指数分别0.18、0.20、0.19，仍为正值但略有下降；Kakwani指数分别为-0.23、-0.20、-0.21均为负值。⑤与2003年比，2008年住院补助集中指数农村由0.34降为0.17，城市由0.35降为0.18；门诊补助集中指数农村由0.20变为0.23，城市由0.24降为0.14公平性得到改善。　　 结论：　　 ①2003年新疆维吾尔自治区政府对医疗机构补助未达到目标效率，门诊补助、住院补助和医疗总补助在全人群中的分布均是穷人获得到补助数额少，富裕人群获得的多。住院补助与人群生活水平分布状况趋于一致，门诊补助起到了缩小社会相对贫富差距作用。 ②与2003年比，2008年自治区各项医疗补助均仍未达到目标效率，但绝对和相对公平性均有所提高，尤其是住院补助公平状况改善明显。③分城乡来看，2008年自治区城市和农村的住院补助分布公平性均得到改善，农村门诊补助公平性仍有待提高。④不同医疗服务补助受益比较，2008年农村中住院补助公平性好于门诊补助，城市中门诊补助公平性好于住院补助。