亲子关系是婚姻法调整的家庭关系之一，是明确父母子女之间权利义务的前提。但近年来，由于男女关系复杂多变的现象普遍存在，致使亲子关系类别繁多，甚至难以确认，确认亲子关系的纠纷经常发生，严重影响了家庭关系的稳定、子女个人的健康成长、以及社会的和谐。面对这些问题，如何确认亲子关系成为不容忽视的法律问题。本文通过说明我国亲子关系确认制度的法律现状，并列举实际案例，引出该项制度所面临的法律问题。如提出亲子关系确认之诉中如何推定否认亲子关系、如何认领子女，以及在亲子关系确认中亲子鉴定如何应用等问题。推定、否认、认领是亲子关系确认的基本类型，是亲子关系确认制度的核心。处理好其中的问题是完善亲子关系确认制度的迫切需求。同时需要正确认识亲子关系确认中所蕴含的社会伦理及社会价值，严格遵循子女平等、未成年子女最佳利益原则、注重维护身份关系稳定性，兼顾追求血缘关系真实三项基本原则，贯穿其制度始终。在亲子鉴定确认之诉中，如何正当应用亲子鉴定，也应作为亲子关系确认制度的一项重要内容。因为亲子鉴定（特别是DNA鉴定）的准确性极高，可以作为独立证据使用。作为一项科学技术，虽具有一定的信赖价值，但是DNA是每个人的身份识别码，一个人的健康情况、遗传病史、身体特征等重要信息都记录在DNA的遗传基因上。所以在诉讼中，亲子鉴定不能被滥用，由法院来启动亲子鉴定程序，不允许个人委托民间鉴定机构私下做DNA亲子鉴定，否则可能会造成以不正当的手段搜集、提取被鉴定人身体样本的不利后果。更重要的是，在法律的维度里，科学技术虽有信赖价值，但常年形成的亲子关系，父母对子女的养育与关怀，不能完全被抹煞。这是生物技术所不能进入的领域。在司法实践中，如果当事人不能提供鉴定结论，依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释（三）》、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》中的相关条款，一味地作出不利推定的判决显然是不合理的。亲子关系确认制度除所揭示真实的血缘关系外，个人尊严、家庭和谐、个人隐私、子女利益等因素也应当给予充分地考虑。所以，如何正确掌握申请亲子鉴定一方的举证责任，合理及时把握行为意义上举证责任转换的时机，是亲子关系确认中的重要问题。本文主张应严格控制亲子鉴定的启动程序，谨慎适用拒绝亲子鉴定后的不利推定的规则。我国目前关于亲子关系确认制度的规定仅有几个指导导意见和司法解释。甚至对一些问题，无论在立法还是司法层面，可谓是一片空白。本文通过比较分析、实证研究等分析方法对域外相关法律进行考察并结合我国实际情况，说明我国相关法律的缺陷、总结亲子关系之诉所应遵循的原则、通过对若干问题具体规则的制定，提出对我国亲子关系确认制度的完善建议。统一法律适用，指引司法实践。