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海绵中已发现大量活性物质，很可能由海绵共附生微生物产生。为发现活性物质的产生者，从我国南海皱皮软海绵中分离到共附生细菌146株。采用金黄色葡萄球菌、黑曲霉、白假丝酵母、荧光假单胞菌、宛氏拟青霉、枯草杆菌和大肠杆菌共7种指标菌进行抗菌活性检测，发现其中42株具有较显著的抗菌活性，4株菌对四种指标菌有拮抗作用， 6株菌对三种指标菌有拮抗作用，15株菌对两种指标菌有抗性。将这42株菌进行蛋白酶、淀粉酶、酯酶、琼胶酶、几丁质酶及纤维素酶活性检测，结果证实40株有酶活性，其中21株具有四种酶活性，9株具有三种酶活性，7株具有两种酶活性。对抑菌活性菌进行传统生理生化分析鉴定，选取其中15个代表菌株进行16S rDNA分子鉴定。根据传统生理生化分析和16S rDNA测序结果，这些活性菌属于厚壁菌门和变形菌门细菌，其中B12和B81在GenBank中的最似菌分别属于γ-变形菌亚纲的Providencia属和β-变形菌亚纲的产碱菌属Alcaligenes，B02，B04，B05，B14，B15，B18，B31，B61和B118的最似菌均属于芽孢杆菌属。基于16S rDNA基因文库，从皱皮软海绵中得到112个克隆，发现皱皮软海绵共附生菌主要由变形菌门和厚壁菌门细菌组成，其中H. Clone 58、H.Clone 195与H. Clone 292很可能为新菌,因为它们与最相似菌的相似度低于95％。海绵Halichondria rugosa共附生微生物的多样性研究及生物活性研究有助于了解海绵与微生物的关系，也为进一步利用海绵共附生微生物奠定基础。