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为了充分发挥波尔山羊优秀的肉用性能和江苏本地山羊耐粗放、适应性强的优点，加快我国肉用山羊新品系的培育，本研究应用AFLP和RAPD技术通过分析共116只波尔山羊、徐淮山羊和海门山羊的遗传多样性，以及RAPD标记与波尔山羊公羊生长发育、繁殖的关系，旨在：①与RAPD技术对比，探讨AFLP技术在山羊遗传多样性研究方面的优越性；②寻找与波尔山羊体重、体尺相关的RAPD标记，以及与波尔山羊公羊繁殖力相关的RAPD标记，为山羊育种的标记辅助选择和基因定位及作图的研究提供科学依据，实现经济性状的早期选择，加快我国肉用山羊新品系培育进程。③为更好地利用和保护江苏本地山羊种质资源提供理论依据。 1．应用AFLP和RAPD分析波尔山羊、徐淮山羊和海门山羊的遗传多样性 实验山羊共105只，采自三个品种，其中60只波尔山羊（采血样20个，组织样40个，公母羊各半）；30只徐淮山羊（每羊采血样1个，公母羊各半）；15个海门山羊（每羊采血样1个，公羊7个，母羊8个）。分别提取DNA，按品种构建池DNA。应用36个选择性引物组合对波尔山羊、徐淮山羊和海门山羊种间AFLP多样性进行研究，其中29个引物组台表现出多态性。29个引物组合共扩增出3253个标记，其中可变标记92个，平均每个引物组合3.17个，多态频率2.8％。可变标记数较多的引物组合为：E00+ACG/M00+CAC（13个）、E00+ACG/M00+CAG（10个）、E00+AAC/M00+CAC（8个）、E00+AAC/M00+ACT（7个）。从93个随机引物中筛选出品种间多态性较强、重复性好的引物22个。22个引物对三个品种池DNA进行随机扩增，共扩增出183个标记，其中可变标记60个，平均每个引物2.73个，多态频率32.8％。统计表明，两种方法得到一致结果：徐淮山羊与海门山羊遗传距离最近，徐淮山羊与波尔山羊次之，海门山羊与波尔山羊遗传距离最远；按UPGMA法将海门山羊与徐淮山羊聚为一类，其次为波尔山羊。两种方法均能较好地反映三个山羊品种的遗传差异，但AFLP方法可变标记数更多，因而比RAPD方法更高效。 2．RAPD标记与波尔山羊体重体尺的关系 应用19个波尔山羊个体间多态性较强、重复性好的随机引物对20个5-6月龄的波尔山羊公羊组织样DNA进行扩增，共得到156个标记，其中可变标记47个。t检验表明，OPH07.4、OPH13.6、OPH13.8、OPH15.6、OPE17.4、OPE18.8对断奶重、哺乳期平均日增重有显著影响；OPH05.1、OPH13.6、OPH13.8、OPE18.2对多个体尺性状有显著影响。 3．RAPD标记与波尔山羊公羊繁殖性能的关系 应用10个波尔山羊个体间多态性较强、重复性好的随机引物对11个波尔山羊公羊精液样DNA进行随机扩增，共得到113个标记，其中可变标记31个。t检验表明，OPN14.3、OPK09.5对平均每次采精量有显著影响；OPK09.5对总采精量有显著影响； 应用WD和AFLP分析波尔山羊和江苏本地山羊的邀传多样性及其与生长发育和繁殖的关系OPH．5对冻后活力有显著影响。